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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004164

染色体: Chr03 坐标: 60407500-60411093 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004164
名称SmilChr03G004164
描述ankyrin repeat-containing protein ITN1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60407500 - 60411093 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015032
GeneID131015032
locus_tag-
NCBI NameLOC131015032
原始查询SmilChr03G004164

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein ITN1-like
产物ankyrin repeat-containing protein ITN1-like
ArabidopsisAT3G09550 (AT3G09550)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820112]
identity=72.8; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0281000
-
identity=67.4; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008157 (protein phosphatase 1 binding); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity); GO:0035304 (GO:0035304)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799209.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799209.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799209.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799209.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799209.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60408174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:60408321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:60409206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:60409271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C59,C64,C66
Chr3:60409458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr3:60409940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr3:60410084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C59,C64,C66
Chr3:60410092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr3:60410123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:60410132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:60410213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr3:60410504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C59,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799209.1
606 aa
N
1
303
606
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_2
Ank_2
Ank_4
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank
PGG
C
PF12796 Ank_2 96-208 aa PF00023 Ank 147-167 aa PF13637 Ank_4 151-202 aa PF12796 Ank_2 178-238 aa PF00023 Ank 182-205 aa PF13606 Ank_3 182-207 aa PF12796 Ank_2 215-275 aa PF12796 Ank_2 220-307 aa PF13637 Ank_4 221-270 aa PF00023 Ank 249-271 aa PF13606 Ank_3 249-273 aa PF13637 Ank_4 255-303 aa PF12796 Ank_2 279-346 aa PF00023 Ank 284-310 aa PF00023 Ank 318-349 aa PF13962 PGG 433-536 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799209.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 96 208 4.1e-65 217.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799209.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 147 167 8.7e-38 126.9 Ankyrin repeat
XP_057799209.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 151 202 2.1e-28 98.4 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799209.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 178 238 4.1e-65 217.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799209.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 182 205 8.7e-38 126.9 Ankyrin repeat
XP_057799209.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 182 207 3e-27 92.0 Ankyrin repeat
XP_057799209.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 215 275 4.1e-65 217.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799209.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 220 307 4.1e-65 217.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799209.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 221 270 2.1e-28 98.4 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799209.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 249 271 8.7e-38 126.9 Ankyrin repeat
XP_057799209.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 249 273 3e-27 92.0 Ankyrin repeat
XP_057799209.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 255 303 2.1e-28 98.4 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799209.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 279 346 4.1e-65 217.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799209.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 284 310 8.7e-38 126.9 Ankyrin repeat
XP_057799209.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 318 349 8.7e-38 126.9 Ankyrin repeat
XP_057799209.1 Pfam PF13962 PGG Domain 433 536 5.6e-28 97.8 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943226.1
AAATGTCTGGTTTCCCATGATTGTTCATGTAAACTAAATTTAGATTTGCTTATAAAAATCTACAAAGTGACAGAAAGGTATGCTTATTTTTGTTGGGTGTTAAATTCTGAAATACGAAAGCTCTGATTTTTATGGTTATTCAGTTTATAGTTTGGTGGAAAATTTCTCCCTATTCCTACGTGTGTGTGTTTTTGAGGATGTATTATTCCCTATTCCTCTCTCCTCAAACTACCTCCCTAAACTACATCCTCCTAATGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015032
ATGGATTTCACCAATGAAGGAGGCGCGCCTCCGCAGATATCAGGCGAGAGAGATCTCGAGAAGGGCATCAAAGCAGAGCACTTATGGCCGCCTCCGTCGCCGCGTGCGCCGGCGTTGGTGGTGTCGAACTCCAGCAAAGTATTAGGCGCTTCGAATTCCGCCAAGACTCTGGTGGTGTCCAACTCCGGAAAAGCCCTAATCGTCTCGAATTCCGGCAAACGGTTCGATCAGTCGGGGAGGAAGAAGTACGTGAAGCAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799209.1
MDFTNEGGAPPQISGERDLEKGIKAEHLWPPPSPRAPALVVSNSSKVLGASNSAKTLVVSNSGKALIVSNSGKRFDQSGRKKYVKQVTGRHNDTELHLAAQKGDVAAVTEILGEIDEQMLKTLRGAEFDAEVAEIREAVVNEVNELGETALFIAAEKGCIDVVKELLPYSTREGLRTKNRSGFDPLHIAASRGHHDIVQMLLDHDPELSKTVGQSNATPLISAATKGHLAVVNELLAKDPSSLEVRKSNGKNALHFAARQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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