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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004173

染色体: Chr03 坐标: 60467104-60478052 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004173
名称SmilChr03G004173
描述trans-Golgi network-localized SYP41-interacting protein 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60467104 - 60478052 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015043
GeneID131015043
locus_tag-
NCBI NameLOC131015043
原始查询SmilChr03G004173

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述trans-Golgi network-localized SYP41-interacting protein 1
产物trans-Golgi network-localized SYP41-interacting protein 1
ArabidopsisAT4G31570 (AT4G31570)
nucleoporin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829284]
identity=41.6; qcov=0.706; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0148300
-
identity=50; qcov=0.122; evalue=3.42e-83; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015043

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057799223.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.60000 XP_057799223.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057799223.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057799223.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057799223.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60468904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:60468916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:60469187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:60469188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B81,C13,C56,D8
Chr3:60469418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C72
Chr3:60469710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:60469792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B83,C37,C76
Chr3:60469826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C72
Chr3:60469943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:60470022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B28
Chr3:60470029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C43
Chr3:60470039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943240.1
AATGCTAAATTGAAACGCCTGCCGATTTCGAAAAGAAAAACTTCAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGGAAAACCATCGCTTCAGATCTAAGAGAACGGAATTTTCAATTACACTCGACATCACCTTACCAAACGAGCCGTTCAATTTGAGTGGCGATCTGTTTAATCTAATGGTTATAGGTAGCTGCTGAGAGCATATTGAATTGGGTTCGATGGAAAAAAATAAGAACCGAACCGATCTGCTCGCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015043
ATGGAAAAAAATAAGAACCGAACCGATCTGCTCGCTGCCGGACGGAAAAAGCTTCAACAGTTCAGGCAGAAGAAGGATAATAAAGGACATAATAGTAAGCCATCGGGTAAAGGAGGTAAATCTGGGCGTGATACGACGGCAGGCACAGTTGCTGAAGCAGCTGTGACACAGCAAAATGATCCAGTTGATGAATTATCCAAGCATGATACGAGTGGTACTGTGGATTTTTCAGAATCAAGCTCTGGAGTGAATGCAGAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799223.1
MEKNKNRTDLLAAGRKKLQQFRQKKDNKGHNSKPSGKGGKSGRDTTAGTVAEAAVTQQNDPVDELSKHDTSGTVDFSESSSGVNAEASDTATGNSEHDVTVGTSSDTAVAQQHDMDADRFKDDAEGTTALPESIPRLDRVASDAASRGDSVTSDSAVANKDPSAKGKVGIACLLDVAGFPSEGSGMDNTSDVHDVNIRASQEDGSSSLVFEDSTSNVPAMVLEKRSGDSSLLLPTEFSSGLERGHGEEQVTDVGAMQEVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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