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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004174

染色体: Chr03 坐标: 60484796-60488043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004174
名称SmilChr03G004174
描述UDP-glycosyltransferase 74E1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60484796 - 60488043 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015047
GeneID131015047
locus_tag-
NCBI NameLOC131015047
原始查询SmilChr03G004174

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 74E1-like
产物UDP-glycosyltransferase 74E1-like
ArabidopsisAT1G05675 (AT1G05675)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723139]
identity=49.8; qcov=0.998; evalue=1.09e-152; confidence=high
RiceOs09g0518200 (OsSGT)
-
identity=48.8; qcov=1.01; evalue=2.22e-150; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057799226.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799226.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799226.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799226.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799226.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60485185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C52
Chr3:60485237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B44
Chr3:60485267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:60485287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr3:60485354 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C16
Chr3:60485354 T TCG 2bp_insertion CDS_variant 1 C16
Chr3:60485356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B138,B18,B82,B90
Chr3:60485432 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 7 B140,B2,B22,B59,C34,C73,C8
Chr3:60485446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr3:60485488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B51,B76,C23
Chr3:60485530 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C18
Chr3:60485530 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799226.1
451 aa
N
1
226
451
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 246-406 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799226.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 246 406 1.1e-26 94.5 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943243.1
GGCGGATGGAGTATTTTTCATTTCCGACAACGTATTATCCAAACAACTTTTGCACCTATAATTGAAGACACTCCATTCCTACGTACCCAACTTTTTCTTTTTAACTTCATATATTTGGATTAAAAAAAAAGTCATCTTTACAACCACTCCTAGACGTAACTGGTCTAGGATAATTTAATTTATACCAATCTGCTATATATAACCTAACCACGTATGCTCATCTTCAATTCTGCCATATATACCTTAAAATCATCTTCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015047
ATGGAGAAAACAGCACACTGTGTAATCCTGCCATATCCCATCCAAGGCCACATAAACCCCATGATCCAATTCTCGAAACGCTTAGCCCACAAGGGCATCGCAGTCACCTTCGCCGTCACAGAAGACGTCCCCGTCAACGAATTCTCCGCCGACATCTCCGTCGAGACCATCTCCGACGGCTACCATGGCAAAAGAGCCGACGCCGCGCTGCCGGAGTATCTGCTCATCTTCCGAAAGGCCGGGACGGAGTCGCTGTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799226.1
MEKTAHCVILPYPIQGHINPMIQFSKRLAHKGIAVTFAVTEDVPVNEFSADISVETISDGYHGKRADAALPEYLLIFRKAGTESLSKLIQKLREDGRPVDCVVYDAFLPWGLSVAKDLGLFGAVFFTQSCCVNIIYYNIFKGLLKVPVLEKEISVAGLPALEVSDLPSFVLDQEAHPGSLKLLLSQFEGVEDCEFVFVNSVYELEEEATDWLRKFMFVKTIGPTIPSMYVDKRLAHDTNYGLSLFKPIDTCMEWLQQQSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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