当前解析结果
SmilChr03G004175| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004175 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004175 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 74E1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 60489928 - 60492841 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015049 |
|---|---|
| GeneID | 131015049 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015049 |
| 原始查询 | SmilChr03G004175 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 74E1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 74E1-like |
| Arabidopsis | AT1G05675 (AT1G05675)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723139] identity=48.2; qcov=1; evalue=4.52e-146; confidence=high |
| Rice | Os09g0518200 (OsSGT)- identity=47.5; qcov=1.01; evalue=2.42e-146; confidence=high |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015049 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057799229.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057799229.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799229.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799229.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799229.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:60490138 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr3:60490154 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B139,C3 |
Chr3:60490171 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C36 |
Chr3:60490173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr3:60490206 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
Chr3:60490273 |
T |
TCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C16 |
Chr3:60490273 |
T |
TCG |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr3:60490275 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,B92,C74 |
Chr3:60490320 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr3:60490351 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A1,A22,A5,B129,B140,B2,B28,B47,B52,B59,B73,B89,C27,C41,C43,C73,C8 |
Chr3:60490407 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr3:60492022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799229.1PF00201
UDPGT 246-421 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799229.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 246 | 421 | 7.5e-28 | 98.3 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。