Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004177`

染色体: Chr03 坐标: 60502087-60504137 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004177`
名称	SmilChr03G004177
描述	UDP-glycosyltransferase 74G1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60502087 - 60504137 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015046`
GeneID	`131015046`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015046`
原始查询	`SmilChr03G004177`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glycosyltransferase 74G1-like
产物	UDP-glycosyltransferase 74G1-like
Arabidopsis	`AT1G05680` (UGT74E2) Uridine diphosphate glycosyltransferase 74E2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837075] identity=47.3; qcov=0.989; evalue=1.01e-147; confidence=high
Rice	`Os09g0518200` (OsSGT) - identity=48.4; qcov=0.989; evalue=7e-149; confidence=high
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015046

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057799225.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057799225.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799225.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799225.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799225.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60502189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B74,C13
`Chr3:60502252`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	1	C6
`Chr3:60502252`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C6
`Chr3:60502390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr3:60502415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr3:60502457`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr3:60502466`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:60502596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B12,B55
`Chr3:60502610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr3:60502623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B32,C87
`Chr3:60503330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr3:60503368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B4,B60,C23,C42,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799225.1

455 aa

228

455

Glyco_transf_N

UDPGT

PF26168 Glyco_transf_N 10-43 aa PF00201 UDPGT 250-410 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799225.1`	Pfam	`PF26168`	Glyco_transf_N	Domain	10	43	3.6e-07	31.0	Glycosyltransferase, N-terminal domain
`XP_057799225.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	250	410	5.8e-27	95.4	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943242.1
TATATACCTTAAAATTAATCATCTTCTCCTAAGTTTGCAATATCCTAAACCAAAAAAAAAAAAAATGGAGAAAATACAACACAGAGCACACTGTGTAATCCTGCCATATCCCGTCCAAGGCCACATAAACCCCATGATCCAATTCTCGAAACGCTTAGCCCACAAGGGCATCGCCGTCACCTTCGCCGTCACAGAAGACATCCCCATCAACGAATCCTCCGCCGGCATCTCCGTCGAGACGATCTCCGACGGCGGCTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015046
ATGGAGAAAATACAACACAGAGCACACTGTGTAATCCTGCCATATCCCGTCCAAGGCCACATAAACCCCATGATCCAATTCTCGAAACGCTTAGCCCACAAGGGCATCGCCGTCACCTTCGCCGTCACAGAAGACATCCCCATCAACGAATCCTCCGCCGGCATCTCCGTCGAGACGATCTCCGACGGCGGCTACGTAGGCAACAGAGCCGACGCCAAGATGCCGGAGTATCTGCACATCTTCCGGAAGGCCGGGACGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799225.1
MEKIQHRAHCVILPYPVQGHINPMIQFSKRLAHKGIAVTFAVTEDIPINESSAGISVETISDGGYVGNRADAKMPEYLHIFRKAGTESLSKLIQKLREEGRPVDCVVYDAFLPWGLSVARDFGLFGAAFFTQSCCVNIIYYNIFKGLLRVPVLEKEISVAGLPALAVSDLPSFVRDQEAHPGSLELLAGQFEGVEDSDFVFVNSVYELEEEATDWLRKFMSVKTIGPTIPSMYLDKRLTHDKNYGLNLFKPIDTCMEWLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器