Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004180

染色体: Chr03 坐标: 60530239-60533198 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004180
名称SmilChr03G004180
描述exocyst complex component EXO70A1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60530239 - 60533198 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015052
GeneID131015052
locus_tag-
NCBI NameLOC131015052
原始查询SmilChr03G004180

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component EXO70A1-like
产物exocyst complex component EXO70A1-like
ArabidopsisAT4G31540 (EXO70G1)
exocyst subunit exo70 family protein G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829281]
identity=69.5; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0698600 (OsEXO70G2)
-
identity=56; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0006887 (exocytosis)
KEGG-
PfamPF03081 (Exo70_C); PF20669 (Exo70_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015052

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057799231.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057799231.1
3 Clathrin-coated vesicle Clathrin-coated vesicle 0.40000 XP_057799231.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057799231.1
5 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.20000 XP_057799231.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60531135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:60531157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr3:60531174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:60531272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B74
Chr3:60531342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:60531346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B27,B40
Chr3:60531391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B41,B74
Chr3:60531456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr3:60531477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:60531585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B94
Chr3:60531738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C1
Chr3:60531766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799231.1
674 aa
N
1
337
674
Exo70_N
Exo70_C
C
PF20669 Exo70_N 73-188 aa PF03081 Exo70_C 279-636 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799231.1 Pfam PF20669 Exo70_N Repeat 73 188 1.3e-10 42.1 Exocyst complex component Exo70 N-terminal
XP_057799231.1 Pfam PF03081 Exo70_C Repeat 279 636 1.5e-101 340.8 Exo70 exocyst complex subunit C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943248.1
ACACACACACAAAAAAAGGAAAAAGAAAAAAGTAGAGAGAAAAGATGCATACAAACAAAACAAGAAAAAGGCAAATATACTGTCAAGCACTCTAGCATAGCACGATCCGTTGGTTTTGAGAGACAATCTGCCGAAAGCCCTCTTCTTTTCCCGTTCCCGATTTAGGGTTCTATCTCTCCACCCCTAAACGCTTCCGTTCTGCACCATTGCATTCCAATTTTATCAGGACGGAGGTGGCGGGTAATTAATTCTTGATTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015052
ATGGATAAAGGGATTGAGAATTTGATATCTGCTAGAAAGTTGTTGAAAGCCAATGTGGAGAAGTCCAAAGCTTTAGGTTTGTCTTTAGAGAAAGCTGGACCTAGGCTAAATGAGATTAATCAAAGATTACCATCGTTGGAGGTGGCTATCCGGCCTATACGGGCTCAACGGGACGCCCTTAGCACTGTAGGTGGCCACATTAATCGAGCTGTGGTTCCAGCAGCTGCGGTTCTTAAGGTTTTTGATGCCATTCATGGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799231.1
MDKGIENLISARKLLKANVEKSKALGLSLEKAGPRLNEINQRLPSLEVAIRPIRAQRDALSTVGGHINRAVVPAAAVLKVFDAIHGLEKSLSDPQHNLQGYLGVLKRLEEALRFLGEHCGMAIQWLGDIVEYLEDHKVADDWYISGLKKALDSLRRLEVGEEKGRLDGGLYEVALNRLENEFRRLLTENSVPLPMSSQSLPGERACIAPSPLPVAVIHKLQAILGRLITNGRLENCVSIYIEVRSSNVRASLQALNLDYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器