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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004184

染色体: Chr03 坐标: 60548327-60552511 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004184
名称SmilChr03G004184
描述uncharacterized SmilChr03G004184
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60548327 - 60552511 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015055
GeneID131015055
locus_tag-
NCBI NameLOC131015055
原始查询SmilChr03G004184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015055

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799236.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057799236.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799236.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799236.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799236.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60548379 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 26 A10,A15,A18,B10,B107,B127,B129,B134,B139,B17,B29,B34,B56,B58,B66,B73,B96,B98,C18,C40,C42,C43,C58,C62,C65,D3
Chr3:60548419 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B111,B85,B90,B92,C48,C87
Chr3:60548481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B85,B92,C48,C87
Chr3:60548495 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 4 B134,B56,C42,C58
Chr3:60548495 A AT 1bp_insertion CDS_variant 4 B134,B56,C42,C58
Chr3:60548526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr3:60548527 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B37
Chr3:60548527 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B37
Chr3:60548565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,C54,C6,C83
Chr3:60551162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:60551523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098451.1
AGCACACCTGATTGTCTTATAGTCTAGATTGTTTTCTCTATGCAATTTATCACTTGTAATTTGGGGGTTATTATTTTGCATATGAAGTGGAAACCTTGTGGATCCAAATGTTACGAAACATCAATAAAGTCATTAAATTTGTCATTTCGATATGGATTTGAATTCGATATTGTTGCTGCGGATCGGGCTCAATTGAGACGTGGCCGGCGGAAGCTTCGTCATCTAGGGCTTCGACCTCCGCCCCTCTCAATCAAGCTAGT...
XR_009098453.1
AGCACACCTGATTGTCTTATAGTCTAGATTGTTTTCTCTATGCAATTTATCACTTGTAATTTGGGGGTTATTATTTTGCATATGAAGTGGAAACCTTGTGGATCCAAATGTTACGAAACATCAATAAAGTCATTAAATTTGTCATTTCGATATGGATTTGAATTCGATATTGTTGCTGCGGATCGGGCTCAATTGAGACGTGGCCGGCGGAAGCTTCGTCATCTAGGGCTTCGACCTCCGCCCCTCTCAATCAAGCTAAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015055
ATGCAATTTATCACTTGTAATTTGGGGGTTATTATTTTGCATATGAAGTGGAAACCTTGTGGATCCAAATGTTACGAAACATCAATAAAGTCATTAAATTTGTCATTTCGATATGGATTTGAATTCGATATTGTTGCTGCGGATCGGGCTCAATTGAGACGTGGCCGGCGGAAGCTTCGTCATCTAGGGCTTCGACCTCCGCCCCTCTCAATCAAGGACAGAAGATGGAAAATCAAAAGATCGTTGGTGAGTTTGACAAA...
LOC131015055
ATGATGTCTGGTACGATTTTTAAGAGGGACAGAAGATGGAAAATCAAAAGATCGTTGGTGAGTTTGACAAAAGACAGGCTTGCGGCCAGGACCAAAAATGGAGAGATCCCGATCCGAGCCTGCTGTGAACAAGAAACAGAGATTGATCATGTCACACAAACAAAATACACACAAGAACTCATTAACAGAACGGTAGTACTACCCATTCATTACGATGTCAGAACCTCATTTAACCATTCATTATTATGTGAAGAAATCAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057799236.1
MQFITCNLGVIILHMKWKPCGSKCYETSIKSLNLSFRYGFEFDIVAADRAQLRRGRRKLRHLGLRPPPLSIKDRRWKIKRSLVSLTKDRLAARTKNGEIPIRACCEQETEIDHVTQTKYTQELINRTVVLPIHYDVRTSFNHSLLCEEIICKRKSLVSLSFLCLDEEQTRGAAR
XP_057799237.1
MMSGTIFKRDRRWKIKRSLVSLTKDRLAARTKNGEIPIRACCEQETEIDHVTQTKYTQELINRTVVLPIHYDVRTSFNHSLLCEEIICKRKSLVSLSFLCLDEEQTRGAAR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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