Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004186`

染色体: Chr03 坐标: 60555913-60558336 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004186`
名称	SmilChr03G004186
描述	uncharacterized SmilChr03G004186
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60555913 - 60558336 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015058`
GeneID	`131015058`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015058`
原始查询	`SmilChr03G004186`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Plant calmodulin-binding protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830675]; symbol=AT5G07820; hit=AT5G07820; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Plant calmodulin-binding protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830675]; symbol=AT5G07820; hit=AT5G07820; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G07820` (AT5G07820) Plant calmodulin-binding protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830675] identity=56; qcov=0.126; evalue=3.25e-07; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0005516 (calmodulin binding)
KEGG	-
Pfam	PF07839 (CaM_binding)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015058

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057799239.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057799239.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799239.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799239.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60557237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B17,B73
`Chr3:60557262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B61,B81,D8
`Chr3:60557355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,C43
`Chr3:60557483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,C13,C40,C54
`Chr3:60557486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,B94
`Chr3:60557519`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:60557571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C43
`Chr3:60557878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,C54,C77
`Chr3:60557922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr3:60557954`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,A21,B32,C87
`Chr3:60558012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B97
`Chr3:60558018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799239.1

397 aa

198

397

CaM_binding

PF07839 CaM_binding 301-382 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799239.1`	Pfam	`PF07839`	CaM_binding	Domain	301	382	3.6e-07	31.6	Plant calmodulin-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943256.1
ATGTCAACAAGAAAAAAAGAGGATGTTTCTAGTGTGAGGGAGAAGAGGGGCTCTTCTCCCTCACCCTCTCATCTCAAATCAAGCCCCAAACCTTCCAAAACCGTCTCCACTTCTAGAAGCCTCGGCTCCTCCCCGTCATCGGAGAAAGCCACCCCCAACTACCTCAGGCCGACGCTGTCGTCGTCGCACTCGTCCGGGGACACCGCCAAGCTACAAGGCAGGAGGCTCGTGTCGAACACCGACAGCGCCCTCAAGCCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015058
ATGTCAACAAGAAAAAAAGAGGATGTTTCTAGTGTGAGGGAGAAGAGGGGCTCTTCTCCCTCACCCTCTCATCTCAAATCAAGCCCCAAACCTTCCAAAACCGTCTCCACTTCTAGAAGCCTCGGCTCCTCCCCGTCATCGGAGAAAGCCACCCCCAACTACCTCAGGCCGACGCTGTCGTCGTCGCACTCGTCCGGGGACACCGCCAAGCTACAAGGCAGGAGGCTCGTGTCGAACACCGACAGCGCCCTCAAGCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799239.1
MSTRKKEDVSSVREKRGSSPSPSHLKSSPKPSKTVSTSRSLGSSPSSEKATPNYLRPTLSSSHSSGDTAKLQGRRLVSNTDSALKPNLARRRSFDKPPSPTRTLKTRGVSPTPTFRSSSFSGKTGAGRAVTSPKSDRGAKGTRDAGKQHLYARAVGTLTKSATIASKSSKSKKAQTASSRKEDHPSDHLEPSVAEDEEDSVVADQELDSSNEQTTQADTDEDDTLEDGSHKADADADADVDDAAEVESPPTVLEQRDASI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器