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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004187

染色体: Chr03 坐标: 60555913-60558499 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004187
名称SmilChr03G004187
描述uncharacterized SmilChr03G004187
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60555913 - 60558499 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015060
GeneID131015060
locus_tag-
NCBI NameLOC131015060
原始查询SmilChr03G004187

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述methionyl-tRNA synthetase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830934]; symbol=AT5G10695; hit=AT5G10695; species=arabidopsis; confidence=medium
产物methionyl-tRNA synthetase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830934]; symbol=AT5G10695; hit=AT5G10695; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G10695 (AT5G10695)
methionyl-tRNA synthetase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830934]
identity=72.7; qcov=1; evalue=4.63e-32; confidence=medium
RiceOs06g0660400
-
identity=50; qcov=0.909; evalue=9.44e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057799242.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057799242.1
3 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.20000 XP_057799242.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057799242.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057799242.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60556160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C17,C56,D3
Chr3:60556166 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B94
Chr3:60556166 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B94
Chr3:60556256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:60556265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:60556271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:60556275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943259.1
AAGACATCAAGTATGGGATATATCGATGTATCCTATGTTACATTCTTCGTATTTTACGTGCACGATCACACGTATATATAATGACATCATCAATATACACGACATGTTAAGAGAGTGTGATTTCAATCGCAGGTAATAACAAGTAGCTAGCAAGTGTTTAGAGATGTCAACAAGAAAAAAAGAGGATGTTTCTAGTGTGAGGGAGAAGAGGGGCTCTTCTCCCTCACCCTCTCATCTCAAATCAAGCCCCAAACCTTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015060
ATGTGCTTGGTGTTCGTGTGCGACGAAGACGAGAGGGTGATTGGGCGGCAGGCGGCGCCCGGCGCGTGCCCCTACTGCGGCGGAATGGTGCAGGCGTTGGACGTGCAGAGCAACTGGAGATTCTGCTTCGTGCCGCTCTATTTCAAAACTAAGCGCAAGCTCTATTGCTCCATCTGTTCAAGGCGCTTGGTCGTCCAATAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799242.1
MCLVFVCDEDERVIGRQAAPGACPYCGGMVQALDVQSNWRFCFVPLYFKTKRKLYCSICSRRLVVQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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