Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004190

染色体: Chr03 坐标: 60573544-60576926 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004190
名称SmilChr03G004190
描述uncharacterized SmilChr03G004190
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60573544 - 60576926 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015064
GeneID131015064
locus_tag-
NCBI NameLOC131015064
原始查询SmilChr03G004190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase, putative (DUF1644) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829268]; symbol=AT4G31410; hit=AT4G31410; species=arabidopsis; confidence=high
产物E3 ubiquitin-protein ligase, putative (DUF1644) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829268]; symbol=AT4G31410; hit=AT4G31410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G31410 (AT4G31410)
E3 ubiquitin-protein ligase, putative (DUF1644) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829268]
identity=64.4; qcov=0.976; evalue=2.89e-125; confidence=high
RiceOs06g0693700 (OsSIDP366)
-
identity=48.1; qcov=0.99; evalue=2.33e-91; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07800 (DUF1644)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015064

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799246.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057799246.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057799250.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799246.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799246.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60573907 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 7 A6,B126,B33,B54,B7,B76,C58
Chr3:60574808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D11
Chr3:60574944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,D2
Chr3:60575047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B40,B69
Chr3:60575049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B138,B26,C21,C76
Chr3:60575053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:60575629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799246.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799247.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799248.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799249.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799250.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799251.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799253.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799254.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799255.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799256.1
302 aa
N
1
151
302
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799257.1
296 aa
N
1
148
296
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
XP_057799258.1
296 aa
N
1
148
296
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 20-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799246.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.6 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799247.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.6 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799248.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.6 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799249.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.6 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799250.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.5 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799251.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.6 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799253.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.6 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799254.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.6 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799255.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.5 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799256.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.2e-62 211.5 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799257.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.1e-62 211.7 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057799258.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 20 175 1.1e-62 211.7 Protein of unknown function (DUF1644)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943272.1
GTTTATAAACAGACGCCCATCTCAAGTTTACTTTTCCATTCCCAGACACTGTATTTTCAGGAGCTTTAATTGACCAGAACTCATGGTGGAAGAGAGTTCTACACTTATGATGGAGGAGATTCAGTTGTATACCAACTGGGATGATGTCATGTGTCCCATATGCTTGGACTTCCCTCACAATGCTGTTCTTCTCCAGTGTGCATCATATGAAAAAGGATGTCGTTCCTTTGTATGTGACACGGATCATTTGCATTCCAATT...
XM_057943275.1
GTTTATAAACAGACGCCCATCTCAAGTTTACTTTTCCATTCCCAGACACTGTATTTTCAGGAGCTTTAATTGACCAGAACTCATGGTGGAAGAGAGTTCTACACTTATGATGGAGGAGATTCAGTTGTATACCAACTGGGATGATGTCATGTGTCCCATATGCTTGGACTTCCCTCACAATGCTGTTCTTCTCCAGTGTGCATCATATGAAAAAGGATGTCGTTCCTTTGTATGTGACACGGATCATTTGCATTCCAATT...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC131015064
ATGGTGGAAGAGAGTTCTACACTTATGATGGAGGAGATTCAGTTGTATACCAACTGGGATGATGTCATGTGTCCCATATGCTTGGACTTCCCTCACAATGCTGTTCTTCTCCAGTGTGCATCATATGAAAAAGGATGTCGTTCCTTTGTATGTGACACGGATCATTTGCATTCCAATTGTCTCTACCGCTTTAAACAAGCAAACGGGATGTCACCGGAAGGCAAATCTCCAAGTACTGCTGAAAATATACAGTGTGTGGG...
LOC131015064
ATGGTGGAAGAGAGTTCTACACTTATGATGGAGGAGATTCAGTTGTATACCAACTGGGATGATGTCATGTGTCCCATATGCTTGGACTTCCCTCACAATGCTGTTCTTCTCCAGTGTGCATCATATGAAAAAGGATGTCGTTCCTTTGTATGTGACACGGATCATTTGCATTCCAATTGTCTCTACCGCTTTAAACAAGCAAACGGGATGTCACCGGAAGGCAAATCTCCAAGTACTGCTGAAAATATACAGTGTGTGGG...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057799246.1
MVEESSTLMMEEIQLYTNWDDVMCPICLDFPHNAVLLQCASYEKGCRSFVCDTDHLHSNCLYRFKQANGMSPEGKSPSTAENIQCVGSGSDSKPACPLCRGEVTGWVVVNKARMYLDEKKRCCEEEKCRFTGTYSELQKHAQVEHPHACPSKIDPARQLDWDNFQQSAEIIDVLSTIHSEVPRGVVLGDYVIEYGDDNSGDDYDDFPGDEGNWWTSCILYQVFENFRTSRNRRRSRVSDSRRGNRRLSFDTSNSDEGSVS...
XP_057799247.1
MVEESSTLMMEEIQLYTNWDDVMCPICLDFPHNAVLLQCASYEKGCRSFVCDTDHLHSNCLYRFKQANGMSPEGKSPSTAENIQCVGSGSDSKPACPLCRGEVTGWVVVNKARMYLDEKKRCCEEEKCRFTGTYSELQKHAQVEHPHACPSKIDPARQLDWDNFQQSAEIIDVLSTIHSEVPRGVVLGDYVIEYGDDNSGDDYDDFPGDEGNWWTSCILYQVFENFRTSRNRRRSRVSDSRRGNRRLSFDTSNSDEGSVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器