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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004196

染色体: Chr03 坐标: 60606299-60608585 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004196
名称SmilChr03G004196
描述putative RNA methyltransferase At5g10620
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60606299 - 60608585 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015071
GeneID131015071
locus_tag-
NCBI NameLOC131015071
原始查询SmilChr03G004196

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative RNA methyltransferase At5g10620
产物putative RNA methyltransferase At5g10620
ArabidopsisAT5G10620 (AT5G10620)
methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830927]
identity=64.7; qcov=0.93; evalue=9.52e-84; confidence=high
RiceOs04g0606900
-
identity=63.1; qcov=0.962; evalue=1.68e-82; confidence=high
GOGO:0006364 (rRNA processing); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF02590 (SPOUT_MTase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057799266.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057799266.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057799269.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799266.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799266.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60606424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C39,C63,C67,C87
Chr3:60606447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B87,C21,C70,D1
Chr3:60606454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,C39,C63,C67,C87
Chr3:60606660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,C39,C63,C67,C87
Chr3:60606665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B4,B64,C24,D11
Chr3:60606700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr3:60606704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,C39,C63,C67,C87
Chr3:60606728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C55
Chr3:60606745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,C39,C63,C67,C87
Chr3:60607432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr3:60607833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:60607864 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799266.1
189 aa
N
1
94
189
SPOUT_MTase
C
PF02590 SPOUT_MTase 37-188 aa
XP_057799267.1
189 aa
N
1
94
189
SPOUT_MTase
C
PF02590 SPOUT_MTase 37-188 aa
XP_057799268.1
189 aa
N
1
94
189
SPOUT_MTase
C
PF02590 SPOUT_MTase 37-188 aa
XP_057799269.1
186 aa
N
1
93
186
SPOUT_MTase
C
PF02590 SPOUT_MTase 34-185 aa
XP_057799270.1
186 aa
N
1
93
186
SPOUT_MTase
C
PF02590 SPOUT_MTase 34-185 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799266.1 Pfam PF02590 SPOUT_MTase Family 37 188 1.3e-45 156.0 Predicted SPOUT methyltransferase
XP_057799267.1 Pfam PF02590 SPOUT_MTase Family 37 188 1.3e-45 156.0 Predicted SPOUT methyltransferase
XP_057799268.1 Pfam PF02590 SPOUT_MTase Family 37 188 1.3e-45 156.0 Predicted SPOUT methyltransferase
XP_057799269.1 Pfam PF02590 SPOUT_MTase Family 34 185 1.2e-45 156.0 Predicted SPOUT methyltransferase
XP_057799270.1 Pfam PF02590 SPOUT_MTase Family 34 185 1.2e-45 156.0 Predicted SPOUT methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943284.1
ATTTGTACGTTTTTTTTTCTTTTTAGCCCTTTTCTTCTGGATGAAATAGAAGAATCCGGTAGTTTCTTTTTCCGGCAGTTGTGTGAATTTGGGGTGATTTATGGAGAATGGAATCCACTGTCTTCGCCACCAGTAAAACCCGCTACACCCCTCTCCCTTCAGCTCAATCAGGTGACCAGAGCAAGTACGCTGCCCAATCTGTGAGAGCGCTGCCGATTCGAATTCTGACGGTGGGGAAGAAGAGGTCGGCGGGGATTCAG...
XM_057943285.1
ATTTGTACGTTTTTTTTTCTTTTTAGCCCTTTTCTTCTGGATGAAATAGAAGAATCCGGTAGTTTCTTTTTCCGGCAGTTGTGTGAATTTGGGGTGATTTATGGAGAATGGAATCCACTGTCTTCGCCACCAGTAAAACCCGCTACACCCCTCTCCCTTCAGCTCAATCAGGTGACCAGAGCAAGTACGCTGCCCAATCTGTGAGAGCGCTGCCGATTCGAATTCTGACGGTGGGGAAGAAGAGGTCGGCGGGGATTCAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131015071
ATGGAATCCACTGTCTTCGCCACCAGTAAAACCCGCTACACCCCTCTCCCTTCAGCTCAATCAGGTGACCAGAGCAAGTACGCTGCCCAATCTGTGAGAGCGCTGCCGATTCGAATTCTGACGGTGGGGAAGAAGAGGTCGGCGGGGATTCAGCTCGTTGTTGATGAGTATACTGAGAAGCTCAAGCATTATTGCCCTGTTCAAGATGTTCGAATCAAGTCTAATCCTAAAAATGCTCGTGACTCAACGGCTCAGATTGA...
LOC131015071
ATGGAATCCACTGTCTTCGCCACCAGTAAAACCCGCTACACCCCTCTCCCTTCAGCTCAATCAGGTGACCAGAGCAAGTACGCTGCCCAATCTGTGAGAGCGCTGCCGATTCGAATTCTGACGGTGGGGAAGAAGAGGTCGGCGGGGATTCAGCTCGTTGTTGATGAGTATACTGAGAAGCTCAAGCATTATTGCCCTGTTCAAGATGTTCGAATCAAGTCTAATCCTAAAAATGCTCGTGACTCAACGGCTCAGATTGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057799266.1
MESTVFATSKTRYTPLPSAQSGDQSKYAAQSVRALPIRILTVGKKRSAGIQLVVDEYTEKLKHYCPVQDVRIKSNPKNARDSTAQIEHEDMAVMGLIKSNEWVVMLDERGCDVSSEQMASLIAEAGNTGASSILFCVGGPYGHGRQLRERADVSIRLSSLVLNHEIALVVLAEQLYRAWTILKGQKYHH
XP_057799267.1
MESTVFATSKTRYTPLPSAQSGDQSKYAAQSVRALPIRILTVGKKRSAGIQLVVDEYTEKLKHYCPVQDVRIKSNPKNARDSTAQIEHEDMAVMGLIKSNEWVVMLDERGCDVSSEQMASLIAEAGNTGASSILFCVGGPYGHGRQLRERADVSIRLSSLVLNHEIALVVLAEQLYRAWTILKGQKYHH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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