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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004203

染色体: Chr03 坐标: 60641507-60643088 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004203
名称SmilChr03G004203
描述glycosyltransferase family protein 64 C3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60641507 - 60643088 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015078
GeneID131015078
locus_tag-
NCBI NameLOC131015078
原始查询SmilChr03G004203

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyltransferase family protein 64 C3-like
产物glycosyltransferase family protein 64 C3-like
ArabidopsisAT1G80290 (AT1G80290)
Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844369]
identity=48.5; qcov=1.1; evalue=8.93e-97; confidence=high
RiceOs06g0705000
-
identity=33.3; qcov=0.684; evalue=4.43e-20; confidence=low
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF09258 (Glyco_transf_64)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057799292.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057799292.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799292.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799292.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799292.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60642399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B10,C71
Chr3:60642418 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B12,B135,B55,B82,C62
Chr3:60642418 CG C 1bp_deletion CDS_variant 5 B12,B135,B55,B82,C62
Chr3:60642481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C41
Chr3:60642582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:60642586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B29,B36,B69,C21
Chr3:60642688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B131,B133
Chr3:60642701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:60642793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C80
Chr3:60642903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B2
Chr3:60642985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799292.1
294 aa
N
1
147
294
Glyco_transf_64
C
PF09258 Glyco_transf_64 76-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799292.1 Pfam PF09258 Glyco_transf_64 Domain 76 270 1.9e-59 201.7 Glycosyl transferase family 64 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943309.1
ATGAGAATTACAGTCATCTTCTTAATCTCACTTCACCTACCCCTTTTCGTCACTTCATCTCGATCAATCCGCCCACCCGACCCGCAATGCACCCGACCCGACCCCAACACCCTCCGCTCCGACCAGATGACCGTCATCATCAACGGCTTCTCGGAGCACCGGATCCCGCTGCTCCGCTCCATCACCGCCGCCTACGCCGCCTCGCCCTCAGTCGCCCGCGCGCCCTCCGCCAGCCTCAATCACCGATTCCACCCCTGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015078
ATGAGAATTACAGTCATCTTCTTAATCTCACTTCACCTACCCCTTTTCGTCACTTCATCTCGATCAATCCGCCCACCCGACCCGCAATGCACCCGACCCGACCCCAACACCCTCCGCTCCGACCAGATGACCGTCATCATCAACGGCTTCTCGGAGCACCGGATCCCGCTGCTCCGCTCCATCACCGCCGCCTACGCCGCCTCGCCCTCAGTCGCCCGCGCGCCCTCCGCCAGCCTCAATCACCGATTCCACCCCTGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799292.1
MRITVIFLISLHLPLFVTSSRSIRPPDPQCTRPDPNTLRSDQMTVIINGFSEHRIPLLRSITAAYAASPSVAXRAPSASLNHRFHPWAIIRTRAVLICDDDIEPDPNSVSFAFKVWGSDPDRAVGFFARSHAYDVASRAWIYAMETEKYSIVLTKFMIVSVAYLEIYSCDARYAAAREIVDEMNNCEDILMNFVVAEESRKGPVMVGARGGGVRDHGDARNDGAGAGVREVGLSSRRVEHRKRRGECITRFHRVLGRMPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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