Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004204

染色体: Chr03 坐标: 60643505-60649562 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004204
名称SmilChr03G004204
描述probable protein phosphatase 2C 59
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60643505 - 60649562 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015077
GeneID131015077
locus_tag-
NCBI NameLOC131015077
原始查询SmilChr03G004204

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable protein phosphatase 2C 59
产物probable protein phosphatase 2C 59
ArabidopsisAT4G31750 (WIN2)
HOPW1-1-interacting 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829303]
identity=88.3; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0149800 (OsPP2C10)
-
identity=84.1; qcov=0.898; evalue=2.35e-168; confidence=high
GOGO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG-
PfamPF00481 (PP2C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015077

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057799282.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057799282.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799282.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799282.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799282.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60643879 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B104,B39,C17
Chr3:60643879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B39,C17
Chr3:60643895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B39,C17
Chr3:60643947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr3:60644041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:60644273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:60644876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B130,B78,D2
Chr3:60645984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799282.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799283.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799284.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799285.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799286.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799287.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799288.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799289.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799290.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
XP_057799291.1
294 aa
N
1
147
294
PP2C
C
PF00481 PP2C 62-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799282.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799283.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799284.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799285.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799286.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799287.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799288.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799289.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799290.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799291.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 273 1.2e-65 222.4 Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943299.1
AGTATTTTTTTAATGCGATAATTAAAAAATAATTCTCTTCCACCTTACTCTCTCCTCTCTCTATCTTCCTCTATCGTCACTGTTCCGTCAATAACCGTCGCCGCAGCGGCGTCCTCAATCTCAAAGGCGGCAACAGATTGAACGCCGTCGCCAATCGAAGCAACGCGCAGGGATCCGATCAGATTAAGCGGCTGCTGAGGCGGAGACGAGAGGAATTTTGGAGGGATACGAGGAGTTGAATGTAGATGAGAGGGTTCATC...
XM_057943304.1
TTTTTTAATGCGATAATTAAAAAATAATTCTCTTCCACCTTACTCTCTCCTCTCTCTATCTTCCTCTATCGTCACTGTTCCGTCAATAACCGTCGCCGCAGCGGCGTCCTCAATCTCAAAGGCGGCAACAGATTGAACGCCGTCGCCAATCGAAGCAACGCGCAGGGATCCGATCAGATTAAGCGGCTGCTGAGGCGGAGACGAGAGGAATTTTGGAGGGATACGAGGAGTTGAATGTAGATGAGAGGGTTCATCTCATA...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131015077
ATGGGTTATCTGAACGCAGTATTGTCACAGTCTACAAGCCAAGTCCACGTTGATAACGCTCCGGTCAGCGGGGGTGGCCTTAGTCAGAATGGAAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGTTCTCCGGGTAAAAGATCTTCAATGGAGGATTTCTACGAGACAAGGATTGATGGTGTTGATGGAGAGGTGGTTGGTCTCTTCGGAGTTTTTGATGGTCACGGGGGAGCTCGAGCTGCAGAATATGTCAAACAAAACCTTTTCAG...
LOC131015077
ATGGGTTATCTGAACGCAGTATTGTCACAGTCTACAAGCCAAGTCCACGTTGATAACGCTCCGGTCAGCGGGGGTGGCCTTAGTCAGAATGGAAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGTTCTCCGGGTAAAAGATCTTCAATGGAGGATTTCTACGAGACAAGGATTGATGGTGTTGATGGAGAGGTGGTTGGTCTCTTCGGAGTTTTTGATGGTCACGGGGGAGCTCGAGCTGCAGAATATGTCAAACAAAACCTTTTCAG...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057799282.1
MGYLNAVLSQSTSQVHVDNAPVSGGGLSQNGKFSYGYASSPGKRSSMEDFYETRIDGVDGEVVGLFGVFDGHGGARAAEYVKQNLFSNLIRHPKFISDTKSAISDAYSHTDSEFLKSENNQNRDAGSTASTAILVGDRLLVANVGDSRAVICRGGHAFAVSRDHKPDQTDERQRIEQAGGFVMWAGTWRVGGVLAVSRAFGDRLLKQYVVADPDIQEEKVDDTLEFLILASDGLWDVVTNEEAVSMIKPIPDPEDAAKRL...
XP_057799283.1
MGYLNAVLSQSTSQVHVDNAPVSGGGLSQNGKFSYGYASSPGKRSSMEDFYETRIDGVDGEVVGLFGVFDGHGGARAAEYVKQNLFSNLIRHPKFISDTKSAISDAYSHTDSEFLKSENNQNRDAGSTASTAILVGDRLLVANVGDSRAVICRGGHAFAVSRDHKPDQTDERQRIEQAGGFVMWAGTWRVGGVLAVSRAFGDRLLKQYVVADPDIQEEKVDDTLEFLILASDGLWDVVTNEEAVSMIKPIPDPEDAAKRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器