Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004206`

染色体: Chr03 坐标: 60659698-60666083 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004206`
名称	SmilChr03G004206
描述	fructose-bisphosphate aldolase-lysine N-methyltransferase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60659698 - 60666083 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015080`
GeneID	`131015080`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015080`
原始查询	`SmilChr03G004206`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	fructose-bisphosphate aldolase-lysine N-methyltransferase, chloroplastic
产物	fructose-bisphosphate aldolase-lysine N-methyltransferase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G55080` (AT3G55080) SET domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824674] identity=50.6; qcov=0.996; evalue=1.47e-159; confidence=high
Rice	`Os01g0976450` - identity=39.3; qcov=0.909; evalue=4.64e-89; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0016279 (protein-lysine N-methyltransferase activity); GO:0018026 (peptidyl-lysine monomethylation)
KEGG	-
Pfam	PF00856 (SET); PF09273 (Rubis-subs-bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015080

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799294.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057799294.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057799294.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799294.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799294.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60660494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr3:60660602`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B113,C17,C67
`Chr3:60660673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr3:60660726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr3:60660860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:60660861`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,B85
`Chr3:60660999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B135,B78,B82,D2
`Chr3:60661022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr3:60661207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B135,B78,B82,D2
`Chr3:60661268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr3:60661360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr3:60661373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B95,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799294.1

462 aa

231

462

SET

Rubis-subs-bind

PF00856 SET 77-270 aa PF09273 Rubis-subs-bind 301-448 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799294.1`	Pfam	`PF00856`	SET	Family	77	270	1.2e-06	29.6	SET domain
`XP_057799294.1`	Pfam	`PF09273`	Rubis-subs-bind	Domain	301	448	2e-10	42.2	Rubisco LSMT substrate-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943311.1
ATTAAATTAATACGATAATCCTAGTTTAAAAGAATAAAAAAAAGGGGTATAAAACTACTTATTTGTATTTTGTCTACACAATCCAGATAAAAATGGCTAATCTGGAGCTAGCGTCGAATCGGATCGATCTCCTGCCTTTCATGGTGGTCCTTCTCATCGTCGCCCACGTCATCGCCTTTGTTTACTGGTTTTACAAATTAGCTACTGATAAGACATCGAAGAAAACGAAGAAGCACTGAAGATTACAGAAGAAAGTCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015080
ATGCTACTTCACTCAGTCATTATAACAAACAGTTTGTGGGTTCGGTCTCAGAGGCCTATACTCACCTCTCTCTATCGGCGTTTATGCGTATCTGCTGATGTTTTTACTTCGTGTAAGGGGTCACATGACTCACATATAGATGAGGATTGCAATGATTTTCTGCCATGGCTTGAAAACAAGGCCGGATGTGAAATTTCTTCTGTACTCTCAATTAGGAAGTCGGCCTATGGTAGGGCATTGTGTGCTGCTGAGGATATACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799294.1
MLLHSVIITNSLWVRSQRPILTSLYRRLCVSADVFTSCKGSHDSHIDEDCNDFLPWLENKAGCEISSVLSIRKSAYGRALCAAEDIQTGDCLLKVPFSVQLAPDNLPPGIACLLGDEVGDVAKVALLILHEKKLGKKSEWAPYISRLPLPEDMHSSVFWSDEELEMIRQSALYEETLKQKKQIEKDFLAVKLVSDRFQNITLQDFTYAYGLVTSRAWVSSRGVSMIPFADFLNHDGTSESYVLSDEGRQHSEVIADRDFA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器