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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004210

染色体: Chr03 坐标: 60703035-60706340 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004210
名称SmilChr03G004210
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25970
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60703035 - 60706340 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015086
GeneID131015086
locus_tag-
NCBI NameLOC131015086
原始查询SmilChr03G004210

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25970
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25970
ArabidopsisAT3G25970 (AT3G25970)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822194]
identity=51.2; qcov=0.919; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0375800 (OJ1705_C03.103)
-
identity=47.8; qcov=0.902; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015086

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057799303.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799303.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799303.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799303.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799303.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60703231 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 14 A10,A11,A18,A19,A5,B18,B5,B58,B98,C42,C58,C65,C72,C85
Chr3:60703237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr3:60703246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B113,C17,C67
Chr3:60703299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B113,C17,C67
Chr3:60703953 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 36 A1,A20,A22,A23,A4,A6,B100,B106,B108,B112,B118,B121,B128,B13,B139,B2,B25,B31,B42,B43,B58,B88,B94,C22,C23,C24,C29,C34,C39,C49,C5,C50,C53,C60,C61,D10
Chr3:60703975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr3:60704039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C48
Chr3:60704043 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 56 A10,A11,A14,A16,A18,A19,A22,A25,A5,B10,B12,B122,B123,B124,B127,B130,B134,B136,B24,B27,B34,B37,B4,B5,B53,B55,B57,B58,B62,B71,B74,B75,B79,B86,B87,B89,B98,C14,C16,C18,C21,C35,C41,C42,C58,C62,C70,C71,C72,C73,C74,C78,C80,C85,D1,D4
Chr3:60704259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B128,C24,C53,D10
Chr3:60704290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr3:60704377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C35
Chr3:60704488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799303.1
742 aa
N
1
371
742
PPR_2
PPR
PPR
TPR_24
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
C
PF13041 PPR_2 64-111 aa PF01535 PPR 67-96 aa PF01535 PPR 139-165 aa PF23276 TPR_24 142-260 aa PF01535 PPR 167-193 aa PF13041 PPR_2 267-313 aa PF01535 PPR 269-297 aa PF13041 PPR_2 370-417 aa PF01535 PPR 372-398 aa PF13041 PPR_2 471-518 aa PF01535 PPR 473-502 aa PF01535 PPR 509-535 aa PF01535 PPR 549-569 aa PF20431 E_motif 590-650 aa PF20430 Eplus_motif 655-682 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799303.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 64 111 2e-62 207.8 PPR repeat family
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 67 96 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 139 165 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 142 260 1.5e-16 61.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 193 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 267 313 2e-62 207.8 PPR repeat family
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 269 297 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 370 417 2e-62 207.8 PPR repeat family
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 372 398 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 471 518 2e-62 207.8 PPR repeat family
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 502 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 509 535 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 549 569 1.3e-47 157.4 PPR repeat
XP_057799303.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 590 650 1.7e-14 54.5 E motif
XP_057799303.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 655 682 1.4e-08 35.0 E+ motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943320.1
TGTACTACTCGATTTTACTAATAAGCAAATAAAATACAGTTTTAAAAAGTTTTTAATAGTTAAAGCAAATTACGAAAATAGTGTTCATTAGAACCCTAGATTTCTGAATTTAGATTTTGATGCCAAACACTAAAGTCTAAACTAAATTCAGTTATACCCAATTAGGGGTCTAGCGCTTTCAGGGATTATATTCAGAAATCGCATCATCAACTACCTTTGGAAAAAGAATCCATTGGGGAATTCGGAGCTCCAATTTCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015086
ATGAGGGCGCTGCAATTGCTCGGTGAAACTGCTCCTCCCACTTTATCAAGTGTTGCGGCGGCTCATTGTCACGCCATCAAATCATCACTCATCGCAGATACCTACATTTCCAACAAACTCATAAGCAGATACCAAAAATGCAAGCAATCGAACAGCTCCCTGAAGGTGTTCGGCGAAATGCCTCACAGAGACACCGCCTCTTGGAACACCGTAATTTCCGGCTACGTGAATTCGGGGAGCTTTTTCACCGCATGGGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799303.1
MRALQLLGETAPPTLSSVAAAHCHAIKSSLIADTYISNKLISRYQKCKQSNSSLKVFGEMPHRDTASWNTVISGYVNSGSFFTAWEVSKTMKRLGFLFDGYTFGSMLRGVAASGGLMYGRQVHADIVKMGFDDNVYAASALLHMYAKCSGVEDANNVFRHMKERNTVSWNALIGGFAEMGNLRRCLELFRCMEIESVGVNDATFAPILTLLCDAELYELARQIHGSIMKRGLEHEITVLNATITAYAECGCVGDAKKVFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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