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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004216

染色体: Chr03 坐标: 60730542-60736849 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004216
名称SmilChr03G004216
描述cytochrome P450 714C2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60730542 - 60736849 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015091
GeneID131015091
locus_tag-
NCBI NameLOC131015091
原始查询SmilChr03G004216

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 714C2-like
产物cytochrome P450 714C2-like
ArabidopsisAT5G24910 (CYP714A1)
cytochrome P450, family 714, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832560]
identity=44.2; qcov=1.03; evalue=1.78e-158; confidence=medium
RiceOs12g0119000 (CYP714C2)
-
identity=44.2; qcov=1.02; evalue=3.82e-168; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015091

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057799307.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057799307.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799307.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799307.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799307.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60730731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:60730739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C83
Chr3:60730748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B77
Chr3:60730764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:60730824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,B97
Chr3:60730836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:60730839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B77
Chr3:60730865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C78,D3
Chr3:60730919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B24
Chr3:60730920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B110,B120,B45,C20
Chr3:60730931 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C82
Chr3:60730931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799307.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799308.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799309.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799310.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799311.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799312.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799313.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799314.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799315.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799316.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 80-501 aa
XP_057799317.1
510 aa
N
1
255
510
p450
C
PF00067 p450 80-499 aa
XP_057799318.1
506 aa
N
1
253
506
p450
C
PF00067 p450 74-495 aa
XP_057799319.1
506 aa
N
1
253
506
p450
C
PF00067 p450 74-495 aa
XP_057799320.1
504 aa
N
1
252
504
p450
C
PF00067 p450 74-493 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799307.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799308.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799309.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799310.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799311.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799312.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799313.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799314.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799315.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799316.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 501 7.6e-82 276.2 Cytochrome P450
XP_057799317.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 499 4.5e-81 273.7 Cytochrome P450
XP_057799318.1 Pfam PF00067 p450 Domain 74 495 7.3e-82 276.3 Cytochrome P450
XP_057799319.1 Pfam PF00067 p450 Domain 74 495 7.3e-82 276.3 Cytochrome P450
XP_057799320.1 Pfam PF00067 p450 Domain 74 493 4.3e-81 273.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

14 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943337.1
TTCGATTTTTACTCCTCAACCACATATTTTAGCTTGTGCTGCACGATAATTCAACCCAGTATATATATGTATATCTTATCTTCTTCATCGCAATTACCCAGCAAATCCAACAAAAACCAGATTTATATTTCTTTCCACTGCAAAACTTCCATCGGTGCAGCGCGACTAGGACGTGAACTTTAATTACTCACAGTTAATTTCAAGTTCAAATTACAGTTTCAGGTGACTAAAGTTGGAGACGCGTAGAGAATCGAATGGGC...
XM_057943334.1
TTTTTACTCCTCAACCACATATTTTAGCTTGTGCTGCACGATAATTCAACCCAGTATATATATGTATATCTTATCTTCTTCATCGCAATTACCCAGCAAATCCAACAAAAACCAGATTTATATTTCTTTCCACTGCAAAACTTCCATCGGAAATAGATAGAGGAAGTGGGGGGAGACTGGAACGGTGCAGTCGGCGCTACGCGCCAGGGCGGTTGAGCAGCAGCGCCGCCACGCACGGTGCGCCACGGCAGCCGGAGACA...

CDS

14 records

下载 CDS FASTA
LOC131015091
ATGGGCGCGTCAAAAAAAATGTGGGTCGCCACTGTATTTAGTTTGGTGCTCGGATTCATCGTGGTTCGCCTCTACATTTATCTGGTGATAAAGCCCACCAAAATACGAAAAATCTTGAAGCAGCAAGGAATCCACGGCCCACCGCCGAAGATCCTCCTCGGCAACGTCCTCGAGATCAAGAAATCCCGCGACGCCGCCCCCGCCAACTCCGCCCCGCCCACCCTCCACGACACCGCCTCCGTCTTTCCATTTTTGGAGCA...
LOC131015091
ATGGGCGCGTCAAAAAAAATGTGGGTCGCCACTGTATTTAGTTTGGTGCTCGGATTCATCGTGGTTCGCCTCTACATTTATCTGGTGATAAAGCCCACCAAAATACGAAAAATCTTGAAGCAGCAAGGAATCCACGGCCCACCGCCGAAGATCCTCCTCGGCAACGTCCTCGAGATCAAGAAATCCCGCGACGCCGCCCCCGCCAACTCCGCCCCGCCCACCCTCCACGACACCGCCTCCGTCTTTCCATTTTTGGAGCA...

Protein

14 records

下载 Protein FASTA
XP_057799307.1
MGASKKMWVATVFSLVLGFIVVRLYIYLVIKPTKIRKILKQQGIHGPPPKILLGNVLEIKKSRDAAPANSAPPTLHDTASVFPFLEQWRKQYGQVFTFSLGNLQIVHVSDPNLVKEITTTTSPDLGRPSYQQKTMGPLLGQGILTSNGAIWARQRKIIAPELFMDKVKGMMSIITESAHTVVNTWKQEIEANDGGGALDVAVDGYMKRFSGEIISRACFGSNYTKGQDIFTNLLALQELVSKKTLFVGLPGLRHVPTRSN...
XP_057799308.1
MGASKKMWVATVFSLVLGFIVVRLYIYLVIKPTKIRKILKQQGIHGPPPKILLGNVLEIKKSRDAAPANSAPPTLHDTASVFPFLEQWRKQYGQVFTFSLGNLQIVHVSDPNLVKEITTTTSPDLGRPSYQQKTMGPLLGQGILTSNGAIWARQRKIIAPELFMDKVKGMMSIITESAHTVVNTWKQEIEANDGGGALDVAVDGYMKRFSGEIISRACFGSNYTKGQDIFTNLLALQELVSKKTLFVGLPGLRHVPTRSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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