Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004257`

染色体: Chr03 坐标: 61050749-61052736 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004257`
名称	SmilChr03G004257
描述	cytochrome P450 71D13-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61050749 - 61052736 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015134`
GeneID	`131015134`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015134`
原始查询	`SmilChr03G004257`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 71D13-like
产物	cytochrome P450 71D13-like
Arabidopsis	`AT3G26330` (CYP71B37) cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822237] identity=41.3; qcov=0.931; evalue=3.04e-125; confidence=medium
Rice	`Os09g0275400` - identity=44.4; qcov=0.922; evalue=4.71e-141; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00909 (Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057799374.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057799374.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799374.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799374.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799374.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61051100`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr3:61051265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,C14,C68
`Chr3:61051322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:61051329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,A20,C17
`Chr3:61051353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr3:61051476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B131
`Chr3:61051572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B138,B140,B19
`Chr3:61051740`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,A20,C17
`Chr3:61051826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,B81,D8
`Chr3:61051874`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A4
`Chr3:61051874`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A4
`Chr3:61051876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B79,C63,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799374.1

523 aa

262

523

p450

PF00067 p450 43-497 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799374.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	43	497	4.4e-96	323.2	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943391.1
TCTCATCCAAAAAATACTATATAAACTCATCCACTTCCCATGCAAATTCATCAACTCACAACACACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTCTCTTTTTAGAGAAATTAATATGATGGATTCGATTTTGGGTTTATCATTGCTATCATGGAACTTCATGGTTCTAGCTGTGATCCTTCCCATAGTGATCTTCTTCATCAGAAGCAAGACAAGATCCAAACCCGTTTCCAGCAACTGGCCGCCCGGCCCGAAGACCCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015134
ATGATGGATTCGATTTTGGGTTTATCATTGCTATCATGGAACTTCATGGTTCTAGCTGTGATCCTTCCCATAGTGATCTTCTTCATCAGAAGCAAGACAAGATCCAAACCCGTTTCCAGCAACTGGCCGCCCGGCCCGAAGACCCTACCCGTGATCGGAAACATGCACCTCCTGAGCGCCCTGGCGTTCCGGTCCATCAGCGAGCTGGCGAAACAGTACGGCCCGCTGATGCGGCTGAAGCTGGGCGAAGTGGACACGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799374.1
MMDSILGLSLLSWNFMVLAVILPIVIFFIRSKTRSKPVSSNWPPGPKTLPVIGNMHLLSALAFRSISELAKQYGPLMRLKLGEVDTIVVSSREVAREMLKQHDPCYADRPESIGIKVLWYNYRDIAFSPYGDYWRQMRKICIMELLSPRSVRSFASIRTDEVSNLIASIRASAAAGNPVNISDSIFSMMSSVTCRAAFGKVSKDKDALIRILRDGIQMAGGFEIADFFPSSLIINTFSWTKIRLLMMRHRLDVILDGLIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器