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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004267

染色体: Chr03 坐标: 61151847-61152224 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004267
名称SmilChr03G004267
描述24-methylenesterol C-methyltransferase 2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61151847 - 61152224 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019095
GeneID131019095
locus_tag-
NCBI NameLOC131019095
原始查询SmilChr03G004267

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述24-methylenesterol C-methyltransferase 2-like
产物24-methylenesterol C-methyltransferase 2-like
ArabidopsisAT1G20330 (SMT2)
sterol methyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838621]
identity=72.3; qcov=1.04; evalue=9.81e-64; confidence=high
RiceOs03g0136200 (Ossmt2-1)
-
identity=58.2; qcov=1.07; evalue=1.72e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019095

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057803760.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057803760.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057803760.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803760.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803760.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61151856 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 30 A3,A6,B112,B124,B130,B134,B136,B15,B35,B66,B71,B72,B79,B83,B9,B98,C10,C14,C16,C2,C21,C38,C42,C5,C51,C59,C61,C73,D5,D9
Chr3:61151860 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B9,C10
Chr3:61151860 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B9,C10
Chr3:61151879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C19
Chr3:61151882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B121,B59,B89
Chr3:61151897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B13,B136,B55,C83
Chr3:61151910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:61151918 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B95
Chr3:61151918 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B95
Chr3:61151930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr3:61151942 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 5 A3,B119,B121,B59,B89
Chr3:61151942 C CG 1bp_insertion CDS_variant 5 A3,B119,B121,B59,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947777.1
ATGGATTCCCTCACTCTCTTCTCCACCACCGCCATCGTCCTCGCTGGTGGCCTTTACTGGTTCGTTTGCGTGCTGAAGCGCGCTGTCCACCTCACCGACGGCTCAATCGTGGCGAAGAAAATCCAGGACACTTACAAGCAATACTGGTCCTTCTTCCGCCGCCCCAAGAAGATCAAGACGGCGGAGAAGGTCCCCGCCTTTGTCGACACCTCCTACAACCTCATCACTGACATCTATGAGTGGGGGTGGGGCCAGTCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019095
ATGGATTCCCTCACTCTCTTCTCCACCACCGCCATCGTCCTCGCTGGTGGCCTTTACTGGTTCGTTTGCGTGCTGAAGCGCGCTGTCCACCTCACCGACGGCTCAATCGTGGCGAAGAAAATCCAGGACACTTACAAGCAATACTGGTCCTTCTTCCGCCGCCCCAAGAAGATCAAGACGGCGGAGAAGGTCCCCGCCTTTGTCGACACCTCCTACAACCTCATCACTGACATCTATGAGTGGGGGTGGGGCCAGTCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803760.1
MDSLTLFSTTAIVLAGGLYWFVCVLKRAVHLTDGSIVAKKIQDTYKQYWSFFRRPKKIKTAEKVPAFVDTSYNLITDIYEWGWGQSFHFSPAVPGKSHHDATRLHKEMAVDLLNVGPGKRVLDTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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