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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004268

染色体: Chr03 坐标: 61156904-61157998 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004268
名称SmilChr03G004268
描述ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61156904 - 61157998 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015145
GeneID131015145
locus_tag-
NCBI NameLOC131015145
原始查询SmilChr03G004268

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
产物ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
ArabidopsisAT1G19210 (AT1G19210)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838504]
identity=45.1; qcov=0.877; evalue=1.73e-42; confidence=medium
RiceOs02g0781300 (OsERF#011)
-
identity=61.8; qcov=0.405; evalue=7.36e-29; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015145

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799386.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799386.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799386.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799386.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057799386.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61156998 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C87
Chr3:61156998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:61157075 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 100 A1,A10,A11,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A5,A7,B10,B100,B101,B103,B108,B120,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B133,B135,B137,B140,B15,B17,B18,B2,B22,B25,B27,B28,B29,B31,B35,B45,B46,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B68,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B80,B83,B85,B88,B90,B92,B94,B95,B99,C1,C14,C15,C17,C19,C2,C23,C24,C25,C28,C29,C35,C38,C40,C41,C45,C49,C51,C52,C61,C62,C64,C66,C70,C74,C75,C76,C8,C84,D10,D3,D4,D5,D6,D7
Chr3:61157299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:61157357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:61157379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B81
Chr3:61157487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:61157498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B24
Chr3:61157582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799386.1
220 aa
N
1
110
220
AP2
C
PF00847 AP2 38-87 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799386.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 38 87 4.3e-12 46.8 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943403.1
GGACTGTGATCTCACCATATATATATATACACAAACATACTCACCATTTCTATCAGCCGCCAAATCCATTAATTCATGCATGCAACATCACCAACAAAATACGAATAAAAAATCGAACAACAAAATGTACAAGGCCACCTCCTCCTCCGCCGCCAACTCCGCCGCGGCCGATGCGGCCGCGGCGGAGCAGAAGTACAAGGGCGTGCGGAAGCGGAAGTGGGGGAAGTACGTGTCCGAGATACGCCTCCCCAACAGCCGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015145
ATGCAACATCACCAACAAAATACGAATAAAAAATCGAACAACAAAATGTACAAGGCCACCTCCTCCTCCGCCGCCAACTCCGCCGCGGCCGATGCGGCCGCGGCGGAGCAGAAGTACAAGGGCGTGCGGAAGCGGAAGTGGGGGAAGTACGTGTCCGAGATACGCCTCCCCAACAGCCGGGAGCGCATCTGGCTCGGCTCCTACGACACGGCGGAGAAGGCGGCGCGGGCCTTCGACGCCGCCCTCTTCTGCCTCCGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799386.1
MQHHQQNTNKKSNNKMYKATSSSAANSAAADAAAAEQKYKGVRKRKWGKYVSEIRLPNSRERIWLGSYDTAEKAARAFDAALFCLRGPSAKLNFPGDPPNISGWQALTPAEIQAVAQHYGNTYSPPTPPPPPRAPELDDGASPSSNSEGAEPADSIDWSFLDVLDSDAAANAGRVSDFGLFHEPVDMYMPPHLPERGGHDEDDDDDGNGGNVASSFLWNF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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