Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004273`

染色体: Chr03 坐标: 61189434-61194104 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004273`
名称	SmilChr03G004273
描述	uncharacterized SmilChr03G004273
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61189434 - 61194104 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015150`
GeneID	`131015150`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015150`
原始查询	`SmilChr03G004273`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os09g0440200; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os09g0440200; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G26270` (AT2G26270) BRCT domain DNA repair protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817167] identity=51.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0440200` - identity=52.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00533 (BRCT); PF12738 (PTCB-BRCT); PF20415 (DUF6699)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057799396.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799396.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799396.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799396.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057799396.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61190094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr3:61190131`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,C16,C26,D7
`Chr3:61190185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr3:61190205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C24
`Chr3:61190206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr3:61190207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr3:61190904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr3:61190916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr3:61191429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B97,C27,C55
`Chr3:61191453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr3:61191561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B4,C87,D3
`Chr3:61193007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799396.1

552 aa

276

552

BRCT

PTCB-BRCT

DUF6699

PF00533 BRCT 63-138 aa PF12738 PTCB-BRCT 68-122 aa PF20415 DUF6699 376-536 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799396.1`	Pfam	`PF00533`	BRCT	Domain	63	138	1.5e-14	54.7	BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
`XP_057799396.1`	Pfam	`PF12738`	PTCB-BRCT	Domain	68	122	2.2e-15	57.1	twin BRCT domain
`XP_057799396.1`	Pfam	`PF20415`	DUF6699	Family	376	536	2.8e-08	34.7	Family of unknown function (DUF6699)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943413.1
GCATAACAGTTCAAATCAATGGCAAAACGCCAACGCGATGCGTCCATGGCGTCGGCCTTTCACTCTGCAAAATTTTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGAGGAAAATAAAGTGATTTTTACGGATCACGCCAATTCCCACTTTTCTGAACCTCCTCAAAAAGCAAAAGGAAGAAAAAGGAAAAGAGAAGTGGAGCATATAATCACCACTTCATGAAAGTTTTTTGCTTTAGATTCTTCATCAGTCTTCGTTTCACTTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015150
ATGATTGAGAATATGGGCGGTGGAGTTGGGGGAGGGAGGGTGGAGGTGATTGCTGCGAAGGGGTGTTCAAGGCTGTTCATGGATTTTTCTTCCTCATTTAGAGGAATCCAAACATTTTCCTTGGAGCCTTCGTCTCCAGCTGCCGCCGCAGTGTCTGAAACTCCGGTTAAAACTGTGAAAACGAAAGGCCCTTTTTCCGGCCTTGTCATTTGCGTGACGGGGCTCTCTAAAGAAACAAGGAAGCAGGTGAAGGAAGCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799396.1
MIENMGGGVGGGRVEVIAAKGCSRLFMDFSSSFRGIQTFSLEPSSPAAAAVSETPVKTVKTKGPFSGLVICVTGLSKETRKQVKEATERLGGQYSPHLHPQCTHLVVQSFHGCKFEHAMQHGTANGLLLVTIGWFVDSVKRNVRLNETLYSVNSIGDNGLAINDLKRLDQNSGAENSCLPSGLLKHTKQPDICGAPASQFSERGSKRHTTLSSLSGQSFYVDVDVPAELRSKVSEALSAEGASLLDQWFVGCNATYVVCE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器