Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004274`

染色体: Chr03 坐标: 61195841-61198054 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004274`
名称	SmilChr03G004274
描述	floral homeotic protein GLOBOSA
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61195841 - 61198054 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015151`
GeneID	`131015151`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015151`
原始查询	`SmilChr03G004274`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	floral homeotic protein GLOBOSA
产物	floral homeotic protein GLOBOSA
Arabidopsis	`AT5G20240` (PI) K-box region and MADS-box transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832146] identity=56.5; qcov=1.01; evalue=6.1e-81; confidence=high
Rice	`Os01g0883100` (OsMADS2) - identity=55.2; qcov=0.991; evalue=2.64e-77; confidence=high
GO	GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00319 (SRF-TF); PF01486 (K-box)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057799397.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799397.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799397.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799397.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057799397.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61196058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr3:61196064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B22,C26,C49,C57
`Chr3:61196181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C10,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799397.1

212 aa

106

212

SRF-TF

K-box

PF00319 SRF-TF 10-57 aa PF01486 K-box 82-164 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799397.1`	Pfam	`PF00319`	SRF-TF	Domain	10	57	4.6e-24	84.3	SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain)
`XP_057799397.1`	Pfam	`PF01486`	K-box	Family	82	164	1.6e-16	60.9	K-box region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943414.1
AATTCCTTAAACGGCTGCCTTTTGCTGAGTTTTTCGAAAGTTGCTTGTCCCTCATTCCTACAAAGGGAAAATGCCATTACATACCCCTCATATTCTTATCAATTTCTCCTCTTCTTCCTCAACATTAAAAGTGTTTTCTCCTGGTGAGAAAGCTAGCAAACCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGTGATCTTGGAGATGGGTAGAGGTAAGATTGAGATCAAGAGGATTGAGAACTCAAGCAACAGGCAGGTGACCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015151
ATGGGTAGAGGTAAGATTGAGATCAAGAGGATTGAGAACTCAAGCAACAGGCAGGTGACCTATTCCAAAAGAAGAAATGGGATCATGAAAAAGGCTAAGGAGATCAGCGTTTTGTGCGATGCTCATGTCTCTGTCATCATCTTCGCCAACTCCGGCAAGATGCACGAATTCTGCAGCCCTTCCACCACGCTGGTTGACATGTTGGATCAGTACCACAAGCTGTCTGGAAAGAGGCTTTGGGATGCAAAACATGAGCACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799397.1
MGRGKIEIKRIENSSNRQVTYSKRRNGIMKKAKEISVLCDAHVSVIIFANSGKMHEFCSPSTTLVDMLDQYHKLSGKRLWDAKHEHLDNEINRIKKENDSMQIELRHLKGEDISTLGFKELMVLEEALENGITTLKAKQMEFVRMMRKHNEMMEEENQNLLFKLRQMHLDPMDDNVMETQGVYDHQGVADYEQQMPFAFRVQPMQPNLQERF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器