当前解析结果
SmilChr03G004295| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004295 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004295 |
| 描述 | EG45-like domain containing protein |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 61356093 - 61361591 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015176 |
|---|---|
| GeneID | 131015176 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015176 |
| 原始查询 | SmilChr03G004295 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | EG45-like domain containing protein |
| 产物 | EG45-like domain containing protein |
| Arabidopsis | AT4G30380 (AT4G30380)Barwin-related endoglucanase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829161] identity=34.5; qcov=0.993; evalue=2.02e-17; confidence=low |
| Rice | Os09g0472900- identity=46.2; qcov=0.832; evalue=1.13e-24; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03330 (DPBB_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015176 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057799432.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057799432.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057799432.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799432.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799432.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:61360418 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B40,B78 |
Chr3:61360425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C86 |
Chr3:61360473 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B62,C25,C5,C61 |
Chr3:61360488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B79,C45,C59,D3 |
Chr3:61360671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,B69 |
Chr3:61360833 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr3:61360855 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C9 |
Chr3:61360855 |
TCG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr3:61360866 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,C44,C76,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799432.1PF03330
DPBB_1 64-140 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799432.1 |
Pfam | PF03330 |
DPBB_1 | Domain | 64 | 140 | 1.2e-09 | 39.0 | Lytic transglycolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。