Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004307`

染色体: Chr03 坐标: 61418542-61421231 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004307`
名称	SmilChr03G004307
描述	probable protein phosphatase 2C 57
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61418542 - 61421231 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015189`
GeneID	`131015189`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015189`
原始查询	`SmilChr03G004307`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable protein phosphatase 2C 57
产物	probable protein phosphatase 2C 57
Arabidopsis	`AT2G25620` (DBP1) DNA-binding protein phosphatase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817102] identity=68.5; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0597200` (OsPP2C57) - identity=68.8; qcov=0.943; evalue=3.52e-178; confidence=high
GO	GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG	-
Pfam	PF00481 (PP2C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057799444.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057799444.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057799444.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799444.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799444.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61418931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B14,B61,C44
`Chr3:61419021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B112,B115,B37,B49,C9
`Chr3:61419117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B69,C53,C77
`Chr3:61419132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr3:61419914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B57,D10,D11
`Chr3:61419965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr3:61420733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B69,C53,C77
`Chr3:61420791`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799444.1

387 aa

194

387

PP2C

PF00481 PP2C 96-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799444.1`	Pfam	`PF00481`	PP2C	Family	96	343	6.9e-71	239.6	Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943461.1
GCAAAAAAGGGTGGGTTTGTAAAGTACACACGTCCATCTCCAAAAGCAACACGACACCGTTCTGTGATTCTACGCATCATATAAATACATGCATTTTTCGCAGCGGCAGTATTCCTCAAACCGACTCCCAACGCCAAATTCAACGTCTTTCTCTCTCCTCTCCATCTCAGATCTCTTCTTTCTATACTTGCACGAAACCTGCATTTGACTATTCATTGCCGTTGCAAAACCCTAGCCCCCAAATTGAAAAGAAACCCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015189
ATGGAAGGCAGTAGGGTAATTGTCAACAATGCCGATGGTGGCAGGGAAAACTGCAGCTCCGGAGACGGGCGGCCGCCGATTCCCAACCCTCTAGGCGCCCGAGGCGCCTACCGACACTGCCTCGACTCCGCCGGCACGCCGCCTTTGTCCGCTAAGTCCCTCGTTCGCCATCCTTCTTTGGTGAGGAGCAGGGCACCAGATATTTCGATTGAACCTAGGTTTAGCGGAGGCGATAGTGATGCTGAATATGTGCCGCTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799444.1
MEGSRVIVNNADGGRENCSSGDGRPPIPNPLGARGAYRHCLDSAGTPPLSAKSLVRHPSLVRSRAPDISIEPRFSGGDSDAEYVPLLRSGAWADAGSRSSMEDVYVCADNMMNDYGLNGSSDMPSAFYGVFDGHGGKHAADFACYNLPRFIVEDGDFPQEIERVLASAFKQTDAAFAEACSTDADLASGTTALAALVIGSSLVVANAGDCRAVLCRRGKAIEMSRDHKPVCLRERRRIEASGGYVYDGYLNGQLNVARAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器