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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004309

染色体: Chr03 坐标: 61430844-61433322 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004309
名称SmilChr03G004309
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL10
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61430844 - 61433322 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015191
GeneID131015191
locus_tag-
NCBI NameLOC131015191
原始查询SmilChr03G004309

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL10
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL10
ArabidopsisAT2G28930 (PK1B)
protein kinase 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817442]
identity=49.8; qcov=1.01; evalue=1.7e-103; confidence=high
RiceOs05g0110900 (OsRLCK176)
-
identity=48.8; qcov=1.01; evalue=3.78e-102; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015191

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799446.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057799446.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799446.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799446.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61431325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C36
Chr3:61431435 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 6 A21,A24,B115,B70,B91,C61
Chr3:61431439 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A21,A24,B115,B70,B91,C61
Chr3:61432327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B115,B70,B91,C61
Chr3:61432542 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr3:61432542 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr3:61432946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,B79
Chr3:61432947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B66
Chr3:61432957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,A25,C72
Chr3:61432993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:61433035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799446.1
299 aa
N
1
150
299
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 18-294 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 18-296 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799446.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 18 294 3.6e-31 109.3 Protein kinase domain
XP_057799446.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 18 296 1.7e-36 126.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943463.1
CTTCAACTCCTCCTATATATTCTGCATAAAAATCATATCCTTTGGTAGCTTAAACTTTCTCTTATCTTTCTTCTTCGTATCAACTTTTGGTCACTCTATTTCTTCTTCAAATCTTCTCTCCAGAAAAAACAGCAACACAGAAGAATCAACTGCTCAAGGTTTTCCCTCTAACTCATTCAAGAGGTAACGTGATGGCCATAGAATATGATGAGATAAGAAAAGCTACGAAAAACTTCAAATCCGAGGTGTTGGGGAGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015191
ATGGCCATAGAATATGATGAGATAAGAAAAGCTACGAAAAACTTCAAATCCGAGGTGTTGGGGAGAGGAGGATCCGGTAGCGTTATTTACAAGGGATGGATTGACGAGCGCAAGCTTACCGCAGTGAAGCCTGCATCTGGAATTGCTGTTGCTATCAAGAAGATGAATATTCAAGGATATCAACCACATCAGGAGCAGTGGGTTGATGAAATAAATCATTTGAGGCAACTCCGTCACCCGAATTTGGTGAAGCTTATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799446.1
MAIEYDEIRKATKNFKSEVLGRGGSGSVIYKGWIDERKLTAVKPASGIAVAIKKMNIQGYQPHQEQWVDEINHLRQLRHPNLVKLIGYGCNTDERIVVYEFMPKGSLYNHLFTSGHEALPWATRTKVAIGAATALAFLHALEIPVIHGTLRSSDILFDGDFNTKLSDFGIPKIRPNANGCYDMAVFGNTLMYAAPEYIMTGCPSTRSDVYGFGVVLLELMSGRPVMDRTRPAEECQLVKWARPYLRDERRVGEMMDSRLM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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