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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004313

染色体: Chr03 坐标: 61498912-61503782 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004313
名称SmilChr03G004313
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61498912 - 61503782 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015196
GeneID131015196
locus_tag-
NCBI NameLOC131015196
原始查询SmilChr03G004313

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.2; qcov=1.06; evalue=1.26e-174; confidence=medium
RiceOs11g0695000
-
identity=38.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799453.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799453.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799453.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799453.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799453.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61499844 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A2,A8,B103,B105,B123,B124,B35,B55,B6,B99,C23,C31,C38,C49,C67,C70,D10
Chr3:61499852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:61499855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B34,B83
Chr3:61499868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A5,B40,B47,B6
Chr3:61499886 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B105
Chr3:61499886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr3:61499921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,C31,C77
Chr3:61499976 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C49
Chr3:61499976 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C49
Chr3:61499979 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C49
Chr3:61499979 T TTG 2bp_insertion CDS_variant 1 C49
Chr3:61499986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799453.1
857 aa
N
1
428
857
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 67-125 aa PF00560 LRR_1 68-89 aa PF00560 LRR_1 91-112 aa PF00560 LRR_1 141-162 aa PF00560 LRR_1 216-238 aa PF13855 LRR_8 264-324 aa PF00560 LRR_1 265-287 aa PF00560 LRR_1 290-311 aa PF00560 LRR_1 313-334 aa PF00560 LRR_1 409-431 aa PF00560 LRR_1 433-454 aa PF00069 Pkinase 577-845 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 579-848 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799453.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 67 125 3.7e-34 117.0 Leucine rich repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 68 89 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 91 112 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 141 162 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 216 238 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 264 324 3.7e-34 117.0 Leucine rich repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 265 287 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 311 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 313 334 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 409 431 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 433 454 5.3e-42 133.4 Leucine Rich Repeat
XP_057799453.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 577 845 2.3e-40 139.4 Protein kinase domain
XP_057799453.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 579 848 5.2e-40 138.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098473.1
GGTTCCATCCCAAAATCGCTCTCAAACCTCACAAACCTACAATTTCTTGACTTAACTTACAATTCTCTAAGTGGAGAAATTCCAAAAGAGTTGGGAAGACTTCAAAGTCTACAAACTCTGCATATTGAATACAATCATCTCTCCGGTGCAATACCATCAGCCATATTCAACATGTCGACCTTGGTGACTATAGCCTTGACAGGCAATGAATTGAGTGGAAGTCTTCCAACAGACATGTGCAGTAATCTTCCATTTCTTGC...
XR_009098472.1
GGTTCCATCCCAAAATCGCTCTCAAACCTCACAAACCTACAATTTCTTGACTTAACTTACAATTCTCTAAGTGGAGAAATTCCAAAAGAGTTGGGAAGACTTCAAAGTCTACAAACTCTGCATATTGAATACAATCATCTCTCCGGTGCAATACCATCAGCCATATTCAACATGTCGACCTTGGTGACTATAGCCTTGACAGGCAATGAATTGAGTGGAAGTCTTCCAACAGACATGTGCAGTAATCTTCCATTTCTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015196
ATGACATTTTTTTTGCCAGGAATACTACCACATGAGATTGGCCATCTTCAGAATCTGGTTACTTTTCATGCTGGACAGAACGAGATTTCGGGCTCAATTGATTTCAATATTTTCATGAATATGTCTTCTCTGCAAACCTTAGCACTAAGGCGTAACAAATTCACGGGGAACCTTTCAAGGGATGTCGGGAATATTACTACGCTCACATATTTAGACCTCTCGGAAAACCATTTTACAGGCCTTATTCCCACTGAATTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799453.1
MTFFLPGILPHEIGHLQNLVTFHAGQNEISGSIDFNIFMNMSSLQTLALRRNKFTGNLSRDVGNITTLTYLDLSENHFTGLIPTEFGQLYHLETLVLQGNNLSGSIPHELFNISTLRILSLAVNTLSGVLPTHLCHASPFLEQLYLGSNSITGAIPNSISNCSQLINLSLPDNKFSGYIPTHLCKVRLLQSLQLFSNNLTQAPSSSFITSLTNCKSLTYLDISDNPLNGVIPASVGNLSSLLESFYAYNCKFSGNIHVEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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