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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004319

染色体: Chr03 坐标: 61544876-61562294 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004319
名称SmilChr03G004319
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61544876 - 61562294 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015217
GeneID131015217
locus_tag-
NCBI NameLOC131015217
原始查询SmilChr03G004319

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.4; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799488.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799488.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799488.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799488.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799488.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61544966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B63,C55,C61,D7
Chr3:61544982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B18,B76,C66
Chr3:61544998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C17
Chr3:61545036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C54
Chr3:61545078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B15,C14,C18,C47
Chr3:61545087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,C7
Chr3:61545106 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A25
Chr3:61545106 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A25
Chr3:61545110 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,C15,C60,C86
Chr3:61545120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B38,B39,B57
Chr3:61545122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B109,C19,D1
Chr3:61545128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B62,C25,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799488.1
1153 aa
N
1
576
1153
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 291-312 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF13855 LRR_8 364-422 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF13855 LRR_8 435-495 aa PF00560 LRR_1 436-458 aa PF00560 LRR_1 460-482 aa PF00560 LRR_1 562-583 aa PF00560 LRR_1 658-679 aa PF00560 LRR_1 729-750 aa PF00069 Pkinase 873-1141 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 875-1144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799488.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 1.1e-05 26.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057799488.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 1.3e-50 169.7 Leucine rich repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 291 312 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 364 422 1.3e-50 169.7 Leucine rich repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 435 495 1.3e-50 169.7 Leucine rich repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 436 458 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 460 482 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 562 583 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 658 679 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 750 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057799488.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 873 1141 1.2e-38 133.8 Protein kinase domain
XP_057799488.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 875 1144 9.5e-39 134.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943505.1
TTCATTATCATAATACAATCACAATTTGCAGCCATGGACAAAAAGCTTCATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCCAAGAGTAGCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015217
ATGGACAAAAAGCTTCATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCCAAGAGTAGCTGCCCTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799488.1
MDKKLHCILPYAFLITITFPMLSSESKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSLRHPRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLTNNLFHGDLPQELSLLRRLKFISFRRNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSFNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLVVQFNHLSGAIPSAIFNISTLVAIALRDNELSGSLPTDMCRNLPILTVLSLPDNQLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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