Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004322`

染色体: Chr03 坐标: 61584388-61587551 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004322`
名称	SmilChr03G004322
描述	auxin efflux carrier component 7-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61584388 - 61587551 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015240`
GeneID	`131015240`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015240`
原始查询	`SmilChr03G004322`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	auxin efflux carrier component 7-like
产物	auxin efflux carrier component 7-like
Arabidopsis	`AT1G70940` (PIN3) Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843432] identity=74.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0743400` (PIN1A) auxin efflux carrier component 1a-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4330700] identity=63; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009926 (auxin polar transport); GO:0010315 (auxin export across the plasma membrane); GO:0010329 (auxin efflux transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF03547 (Mem_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057799527.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799527.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799527.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799527.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799527.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61584591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B20,B57,C51
`Chr3:61584615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr3:61584632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B103,B134,B78,B88,D6
`Chr3:61584632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B134,B78,B88,D6
`Chr3:61584636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B128,B134,D6
`Chr3:61584681`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr3:61584696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C48,C82
`Chr3:61584699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B5,B75,B85,C74
`Chr3:61584702`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A19,B105,B112,B49,B55,B7,C4,C50,C57,C75,C82
`Chr3:61584704`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A19,B105,B112,B49,B55,B7,C4,C50,C57,C75,C82
`Chr3:61584748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,C11,D6
`Chr3:61584753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799527.1

648 aa

324

648

Mem_trans

PF03547 Mem_trans 10-643 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799527.1`	Pfam	`PF03547`	Mem_trans	Family	10	643	3.4e-127	424.5	Membrane transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943544.1
CACACAATGTCGTGTATTTACACTTCCCCTCTCTCTCTCTAAAAATACCAATTTCTCTTTCCTGTTTAGGAATTGGCAGAGATTTATTCCTGCAACAGTCGAGCTAGCTTTGCTCAGCAACAGCCGCAGAGAAATTATTCGATTCTCAGAGAGATGATTACGTGGCACGATCTCTACGTAGTGCTAACGGCGGTGATCCCGCTCTACGTGGCGATGATTCTGGCCTACGGCAGCGTGCGGTGGTGGAAGATCTTCACGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015240
ATGATTACGTGGCACGATCTCTACGTAGTGCTAACGGCGGTGATCCCGCTCTACGTGGCGATGATTCTGGCCTACGGCAGCGTGCGGTGGTGGAAGATCTTCACGCCGGACCAGTGCTCCGGCATCAACCGCTTCGTCGCCATCTTCGCCGTGCCGCTGCTCTCATTCCACTTCATCTCCAGGAACGACATCTACACCATGAATTTCCGCTTCATCGCCGCCGACACGCTGCAGAAGATCATCATGCTCGTGGTGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799527.1
MITWHDLYVVLTAVIPLYVAMILAYGSVRWWKIFTPDQCSGINRFVAIFAVPLLSFHFISRNDIYTMNFRFIAADTLQKIIMLVVLSLWANLTRSGSLEWSITIFSLSTLPNTLVMGIPLLIAMYGEYAGNLMVQVVVLQCIIWYTLLLFLFEYRGAKMLIMEQFPETAASIVSFKVESDVVSLDGQDFLETDAEIGGDGKLHVRVRKSSASRRSFSGITPRPSNLTGAEIYSLSSSRNPTPRTSNFNHSDFYSMMGFGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器