Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004334`

染色体: Chr03 坐标: 61683906-61687502 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004334`
名称	SmilChr03G004334
描述	E3 ubiquitin-protein ligase At1g63170
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61683906 - 61687502 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015267`
GeneID	`131015267`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015267`
原始查询	`SmilChr03G004334`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase At1g63170
产物	E3 ubiquitin-protein ligase At1g63170
Arabidopsis	`AT4G32600` (AT4G32600) C3H4 type zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829395] identity=61.7; qcov=0.981; evalue=2e-159; confidence=high
Rice	`Os05g0179000` (OsRFPH2-5) - identity=54.1; qcov=0.951; evalue=5.65e-145; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015267

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057799568.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057799568.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057799568.1`
4	Endosome	内体	0.20000	`XP_057799568.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799568.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61684960`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,B69
`Chr3:61685032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr3:61685398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:61685461`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B27,C54
`Chr3:61685530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B27,C54
`Chr3:61686414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,A7,B40,B78
`Chr3:61686617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C78
`Chr3:61686698`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr3:61686734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr3:61686990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B49,B79,B82,C13
`Chr3:61687009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B100,B14,B2,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799568.1

426 aa

213

426

zf-RING_11

zf-C3HC4

zf-RING_2

PF17123 zf-RING_11 359-386 aa PF00097 zf-C3HC4 359-399 aa PF13639 zf-RING_2 359-400 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799568.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	359	386	1.3e-08	35.1	RING-like zinc finger
`XP_057799568.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	359	399	6.3e-06	26.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057799568.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	359	400	5.6e-14	52.9	Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943585.1
AGAAAAATAAAGAAAAAAGTCGCCAAATATATAAATAAATGAAAAGCACAACAACTGTAGAAGTAGCTTGAATAAATCCATCAACAAAAACGAGCTTCCTTCTTCCAGAAAAATTTATTCTGATTCTCTGCTTTCGTCAAACCCTAGTTTTAGTTGTTTCATTCAGATAAGGTCAATCAACGCCCTTAAGCTCTGAGAGATTATTGCTGCTCAATCTTCATTCAGCATACTAGGAAGGGAGCTAAATTCTGAAGGTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015267
ATGGCTTTTCCCATACTGGGACATCATCATAAGAGTTCAACTGACGAAGCCGATTTGTTAATGGAAGGAGCTGACAGTCGCAGCGATACCGAACACGTTATTGACATAACAGGCAGTGGTACTGCTTCTTCATCTAATTCATCCCATGAAAGGCCATCAACTGGTTTGGAGCAGCAAAGGAGTGAAGACCTGCCATCTACTAGTTCAAGGGTTCCCCTTTATCAGCCTCAACCTTTTACTGCCGGTGGGTCAAACTCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799568.1
MAFPILGHHHKSSTDEADLLMEGADSRSDTEHVIDITGSGTASSSNSSHERPSTGLEQQRSEDLPSTSSRVPLYQPQPFTAGGSNSRSSSLSRRGNTRSRQRSPLNSGLWISVELVLTVSQIIAAIVVLSLSRSEKPRAPLRAWVVGYASGCLAILPLLYWRFKYRNQSPEQDSSQNGQDASLSNNSAVPFARRSISREDSWTTGTSTRSTQNNGLPNSRLKVFVEYFKMALDCFFAVWFVVGNVWIFGGHSSSSEAPNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器