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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004346

染色体: Chr03 坐标: 61736660-61739767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004346
名称SmilChr03G004346
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61736660 - 61739767 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015228
GeneID131015228
locus_tag-
NCBI NameLOC131015228
原始查询SmilChr03G004346

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.4; qcov=1.06; evalue=3.82e-168; confidence=medium
RiceOs11g0695000
-
identity=38.7; qcov=1.05; evalue=3.06e-180; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799508.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799508.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799508.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799508.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799508.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61736696 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 11 A11,A23,B17,B2,B33,B41,B43,B59,B85,C36,C68
Chr3:61736698 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B17,B2,B85
Chr3:61736698 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B17,B2,B85
Chr3:61736699 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 9 A20,A6,B120,B129,B138,B29,B46,B50,B83
Chr3:61736752 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B67
Chr3:61736752 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B67
Chr3:61736754 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B67
Chr3:61736754 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B67
Chr3:61736769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B140,D2
Chr3:61736881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B56
Chr3:61736922 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 10 A7,B2,B3,B91,C49,C63,C77,C79,C82,C86
Chr3:61736979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799508.1
819 aa
N
1
410
819
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 5-26 aa PF13855 LRR_8 30-88 aa PF00560 LRR_1 53-74 aa PF00560 LRR_1 103-124 aa PF13855 LRR_8 103-161 aa PF00560 LRR_1 127-148 aa PF00560 LRR_1 178-200 aa PF00560 LRR_1 252-273 aa PF00560 LRR_1 275-296 aa PF00560 LRR_1 371-393 aa PF13855 LRR_8 371-430 aa PF00560 LRR_1 395-416 aa PF00069 Pkinase 539-807 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 541-810 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 5 26 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 30 88 7.6e-30 103.2 Leucine rich repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 53 74 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 103 124 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 103 161 7.6e-30 103.2 Leucine rich repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 127 148 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 178 200 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 273 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 275 296 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 371 393 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 371 430 7.6e-30 103.2 Leucine rich repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 395 416 9.9e-36 114.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799508.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 539 807 2.5e-39 136.0 Protein kinase domain
XP_057799508.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 541 810 2.9e-39 135.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943525.1
CAATATTTTCATGAATATGTCTTCTCTGCAAACCATATATCTAAGCCGCAACAAATTCACGGGGAACCTTTCAAGGGATGTCGGGAATATTACCATGCTAACAAATTTACACCTCCTTGAAAACCATTTTACAGGGATTATTCCCACTGAATTTGGCCAACTTTACCATTTGGAGAAATTAGACCTACAATTCAACAGCTTGAGTGGTTCGATTCCACATGAGCTCTTTAACATTTCAACTCTTCGGAGTCTTGCATTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015228
ATGAATATGTCTTCTCTGCAAACCATATATCTAAGCCGCAACAAATTCACGGGGAACCTTTCAAGGGATGTCGGGAATATTACCATGCTAACAAATTTACACCTCCTTGAAAACCATTTTACAGGGATTATTCCCACTGAATTTGGCCAACTTTACCATTTGGAGAAATTAGACCTACAATTCAACAGCTTGAGTGGTTCGATTCCACATGAGCTCTTTAACATTTCAACTCTTCGGAGTCTTGCATTGGTCGGCAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799508.1
MNMSSLQTIYLSRNKFTGNLSRDVGNITMLTNLHLLENHFTGIIPTEFGQLYHLEKLDLQFNSLSGSIPHELFNISTLRSLALVGNALSGVLPTHLCHSSPFLEELFLGNNSISGAIPNSISNCSQLIKLSLARNKFSGYIPTHLGNLRLLQMLQLFSNNLTQAPSSSFITSLTNCRSLTHLSFGDNPLNGVIPASVGNLSSSLERFIATNCKFSGSIPVEIGNLSNMMVLAFPGNELSGNIPLTISHLHQLQGLDLQDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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