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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004352

染色体: Chr03 坐标: 61759108-61760660 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004352
名称SmilChr03G004352
描述molybdate transporter 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61759108 - 61760660 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015262
GeneID131015262
locus_tag-
NCBI NameLOC131015262
原始查询SmilChr03G004352

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述molybdate transporter 1
产物molybdate transporter 1
ArabidopsisAT2G25680 (MOT1)
molybdate transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817109]
identity=64.1; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0101500 (OsSultr5)
-
identity=63.7; qcov=0.926; evalue=3.19e-167; confidence=high
GOGO:0015098 (molybdate ion transmembrane transporter activity); GO:0015689 (molybdate ion transport)
KEGG-
PfamPF16983 (MFS_MOT1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015262

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057799560.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057799560.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057799560.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799560.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799560.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61759294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr3:61759344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:61759346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:61759457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:61759509 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 5 C16,C27,C29,C50,C55
Chr3:61759509 GC G 1bp_deletion CDS_variant 5 C16,C27,C29,C50,C55
Chr3:61759517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,C61
Chr3:61759520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr3:61759550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C60,C82,D8
Chr3:61759553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B136,C13,C32,C68
Chr3:61759573 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76
Chr3:61759573 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799560.1
458 aa
N
1
229
458
MFS_MOT1
MFS_MOT1
C
PF16983 MFS_MOT1 35-149 aa PF16983 MFS_MOT1 276-395 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799560.1 Pfam PF16983 MFS_MOT1 Family 35 149 3.1e-60 202.4 Molybdate transporter of MFS superfamily
XP_057799560.1 Pfam PF16983 MFS_MOT1 Family 276 395 3.1e-60 202.4 Molybdate transporter of MFS superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943577.1
AACGAAACAATTCATGTCCACCTCACTGCACCACGCACAGCAATGGAGTCGCAGCCGCACAACCCGGGGGGCGGCGCCGCCTCCCCATCCCAGCTGGCGCAGAAGCTCCGCCGCAACCTGACGTCGTTCCGGTCGAAATGGAGCGAGCTCAACGGCGCCATGGGCGACCTCGGCACCTACATTCCCATCATCCTCGCCCTAACCCTCGCCAAAAACCTAGACCTCGGCACCACCCTCATCTTCACCGGCCTCTTCAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015262
ATGGAGTCGCAGCCGCACAACCCGGGGGGCGGCGCCGCCTCCCCATCCCAGCTGGCGCAGAAGCTCCGCCGCAACCTGACGTCGTTCCGGTCGAAATGGAGCGAGCTCAACGGCGCCATGGGCGACCTCGGCACCTACATTCCCATCATCCTCGCCCTAACCCTCGCCAAAAACCTAGACCTCGGCACCACCCTCATCTTCACCGGCCTCTTCAACTCCCTCACCGGCGCCCTCTACGGAGTCCCCATGCCCGTCCAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799560.1
MESQPHNPGGGAASPSQLAQKLRRNLTSFRSKWSELNGAMGDLGTYIPIILALTLAKNLDLGTTLIFTGLFNSLTGALYGVPMPVQPMKSIAAAAISSPDFGVPEIMAAGICTSAALLLLGATGLMHLAYNLIPIAVVRGIQLAQGLSFAITAVKYIKTEQNFAKSKSAAAGDRPWLGLDGLILALTSACFILLVNGSGDDDRSEIEIEIHEISTFNRRKRKLLKFIKSIPSAFIIFILGLILAVARGPQAVNHFKLGPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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