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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004355

染色体: Chr03 坐标: 61772966-61776806 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004355
名称SmilChr03G004355
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61772966 - 61776806 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019103
GeneID131019103
locus_tag-
NCBI NameLOC131019103
原始查询SmilChr03G004355

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=38; qcov=1.06; evalue=0; confidence=medium
RiceOs07g0121200
-
identity=39.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019103

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803768.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803768.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803768.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803768.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803768.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61773974 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 9 B126,B24,B99,C18,C53,C62,C85,D1,D5
Chr3:61773984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B22,B82,C69
Chr3:61774009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr3:61774024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B39
Chr3:61774038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,C11,C34,C84
Chr3:61774044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B26,B53,D5
Chr3:61774045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C33
Chr3:61774057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B137,C62
Chr3:61774062 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr3:61774067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B77,C14
Chr3:61774100 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B47
Chr3:61774100 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803768.1
854 aa
N
1
427
854
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 68-89 aa PF13855 LRR_8 139-199 aa PF00560 LRR_1 140-162 aa PF00560 LRR_1 164-186 aa PF00560 LRR_1 216-238 aa PF00560 LRR_1 313-334 aa PF00560 LRR_1 362-383 aa PF00560 LRR_1 388-407 aa PF00560 LRR_1 409-430 aa PF00560 LRR_1 433-454 aa PF00069 Pkinase 577-842 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 579-845 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 68 89 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 139 199 2.1e-29 101.8 Leucine rich repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 162 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 164 186 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 216 238 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 313 334 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 362 383 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 388 407 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 409 430 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 433 454 9.6e-35 111.8 Leucine Rich Repeat
XP_057803768.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 577 842 3.3e-39 135.6 Protein kinase domain
XP_057803768.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 579 845 1.5e-38 133.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947785.1
ATCATAATACAATCACAATTAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGCTTTCTTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTAATTCTGAAGCCAAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019103
ATGACACTTTTTTTGCCAGGAATACTACCACATGAGATTGGCTATCTTCAGAGTCTGCTTACTTTTGGTGCTGAACGGAATGAGATTGCGGGCTCAATTGATTTCAATATTTTCATGAATATGTCTGCTCTGCAAAACATAAATCTAGGGCGCAACAAATTCACGGGGAACCTTTCAAGGGATGTCGGGAATATTACCATGCTAACAAATTTGGATCTCCAAGATAACCATTTTACAGGTCTTATTCCCACTGAATTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803768.1
MTLFLPGILPHEIGYLQSLLTFGAERNEIAGSIDFNIFMNMSALQNINLGRNKFTGNLSRDVGNITMLTNLDLQDNHFTGLIPTEFGQLYHLETLGLQLNSLSGSIPHELFNISTLRILSLLGNALSGVLPTHLCHVSPSLEELFLGGNSITGAIPNSISNCSQLTFLSLAENKLSGYIPTHLGNLRHLQSLELFSNNLTQAPSSSFITSLTNCKSLTILSIDDNPLNGVIPASLGNLSSSLQTFTAGNCKFRGNIPVEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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