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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004357

染色体: Chr03 坐标: 61784482-61788282 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004357
名称SmilChr03G004357
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61784482 - 61788282 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019105
GeneID131019105
locus_tag-
NCBI NameLOC131019105
原始查询SmilChr03G004357

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=36.8; qcov=0.891; evalue=0; confidence=medium
RiceOs06g0585950
-
identity=38.6; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803770.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803770.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803770.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803770.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803770.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61784501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C66
Chr3:61784503 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B42,B52,B60
Chr3:61784503 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 B42,B52,B60
Chr3:61784509 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B42,B52,B60
Chr3:61784509 CA C 1bp_deletion CDS_variant 3 B42,B52,B60
Chr3:61784534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B93
Chr3:61784562 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 1 C10
Chr3:61784562 A AGC 2bp_insertion CDS_variant 1 C10
Chr3:61784567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C14,D6
Chr3:61784571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:61784614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,B82
Chr3:61784643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803770.1
1115 aa
N
1
558
1115
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF13855 LRR_8 149-209 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF00560 LRR_1 319-340 aa PF13855 LRR_8 367-427 aa PF00560 LRR_1 368-390 aa PF00560 LRR_1 392-414 aa PF13855 LRR_8 492-552 aa PF00560 LRR_1 518-539 aa PF00560 LRR_1 541-562 aa PF00560 LRR_1 590-611 aa PF00560 LRR_1 637-659 aa PF13855 LRR_8 637-696 aa PF00560 LRR_1 662-682 aa PF00069 Pkinase 805-971 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 807-956 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1002-1106 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803770.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 6.3e-10 39.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803770.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 149 209 1.5e-47 159.9 Leucine rich repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 319 340 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 367 427 1.5e-47 159.9 Leucine rich repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 368 390 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 392 414 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 492 552 1.5e-47 159.9 Leucine rich repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 518 539 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 541 562 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 590 611 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 637 659 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 637 696 1.5e-47 159.9 Leucine rich repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 662 682 2.1e-53 167.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803770.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 805 971 2.8e-35 122.7 Protein kinase domain
XP_057803770.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 807 956 1.6e-34 120.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057803770.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1002 1106 1.6e-34 120.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947787.1
ATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTTCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTCCCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGTGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGTGTTGAATCTCTCCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019105
ATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTTCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTCCCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGTGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGTGTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803770.1
MEKNLSCILQYAFLITITFPMLSSEAKQPLSLATDQTALLSLKQHITSDPSLLLPTNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHHRVAVLNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGDLPHQMSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEHLSLSNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSIQSNHLYGAIPSAIFNISTLVTIAFTYNELSGSLPIDICSNLPSLIGIYLSFNQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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