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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004358

染色体: Chr03 坐标: 61802201-61814273 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004358
名称SmilChr03G004358
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61802201 - 61814273 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019106
GeneID131019106
locus_tag-
NCBI NameLOC131019106
原始查询SmilChr03G004358

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=32.2; qcov=1.12; evalue=3.77e-176; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=37.8; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019106

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803771.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803771.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803771.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803771.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803771.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61802275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:61802296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr3:61802306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B102,B55,B67,C62
Chr3:61802332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:61802383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B58,C39,C59,C74
Chr3:61802392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:61802401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B35,B66
Chr3:61802410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:61802488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:61802554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:61802560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,C12,C19,C40
Chr3:61802576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803771.1
1125 aa
N
1
562
1125
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 34-68 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-215 aa PF13855 LRR_8 193-253 aa PF00560 LRR_1 243-264 aa PF00560 LRR_1 267-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF13855 LRR_8 364-422 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF00560 LRR_1 437-458 aa PF00560 LRR_1 460-482 aa PF23598 LRR_14 551-760 aa PF00560 LRR_1 658-679 aa PF00560 LRR_1 729-750 aa PF00069 Pkinase 848-1113 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 850-1116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803771.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 34 68 6.2e-05 23.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 215 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 193 253 2.6e-46 155.9 Leucine rich repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 243 264 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 267 288 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 364 422 2.6e-46 155.9 Leucine rich repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 458 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 460 482 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 551 760 9.9e-48 163.4 Leucine-rich repeat region
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 658 679 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 750 1.2e-57 180.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803771.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 848 1113 3.8e-38 132.1 Protein kinase domain
XP_057803771.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 850 1116 2e-38 132.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947788.1
CAATCACAATTTGCAGCCATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019106
ATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803771.1
MEKNLSCILQYAFLITITFPMLSSESKQPLSLATDQTSLLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGNLSFLVSLDLTNNLFYGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFFDLSSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVRFNRLSGAIPSAIFNMSTLVTIDLTGNELSGSLPTHMCSNLPLLTKLGLSDNQLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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