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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004360

染色体: Chr03 坐标: 61841015-61841767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004360
名称SmilChr03G004360
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61841015 - 61841767 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019108
GeneID131019108
locus_tag-
NCBI NameLOC131019108
原始查询SmilChr03G004360

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT5G20480 (EFR)
EF-TU receptor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832170]
identity=36.4; qcov=0.956; evalue=1.25e-39; confidence=medium
RiceOs11g0490200
-
identity=43.3; qcov=0.96; evalue=2.61e-49; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8); PF23211 (LRR_LRWD1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803773.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803773.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803773.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803773.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803773.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61841054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C43
Chr3:61841067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,C28,C68
Chr3:61841098 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B130,B96,C61
Chr3:61841098 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 3 B130,B96,C61
Chr3:61841103 T TAC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B130,B96,C61
Chr3:61841103 T TAC 2bp_insertion CDS_variant 3 B130,B96,C61
Chr3:61841104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B98
Chr3:61841128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr3:61841179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B119,B129,B25
Chr3:61841197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr3:61841270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B48,B94,D8
Chr3:61841288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803773.1
250 aa
N
1
125
250
LRRNT_2
LRR_LRWD1
LRR_1
LRR_8
LRR_4
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 34-68 aa PF23211 LRR_LRWD1 70-157 aa PF00560 LRR_1 98-117 aa PF13855 LRR_8 120-180 aa PF12799 LRR_4 121-161 aa PF00560 LRR_1 122-143 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803773.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 34 68 2.1e-05 25.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803773.1 Pfam PF23211 LRR_LRWD1 Repeat 70 157 7.7e-08 33.0 Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1, LRR
XP_057803773.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 117 5.1e-20 68.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803773.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 120 180 7.3e-17 61.6 Leucine rich repeat
XP_057803773.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 121 161 1.7e-16 60.6 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057803773.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 122 143 5.1e-20 68.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803773.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 7.3e-17 61.6 Leucine rich repeat
XP_057803773.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 5.1e-20 68.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803773.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 5.1e-20 68.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803773.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 5.1e-20 68.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947790.1
ATGGGGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCATCACAGAGTTGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019108
ATGGGGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCATCACAGAGTTGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803773.1
MGKKLYCILQYAFLITITFPMLSSEAKQPLSLATDQTSLLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGDLPHQLSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLSNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLELSFNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLYIEYNHLSGAIPSAIFNISTLVVIALRDNELSGNLPTDMCRNLPFLEPLSQLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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