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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004364

染色体: Chr03 坐标: 61860334-61865240 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004364
名称SmilChr03G004364
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61860334 - 61865240 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015221
GeneID131015221
locus_tag-
NCBI NameLOC131015221
原始查询SmilChr03G004364

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34; qcov=1.08; evalue=2.94e-173; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015221

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799494.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799494.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799494.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799494.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799494.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61860370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:61860423 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B96,C42
Chr3:61860423 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B96,C42
Chr3:61860431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr3:61860433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr3:61860506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B5,C15,D2
Chr3:61860515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C15,D2
Chr3:61860524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B18,B19,C84
Chr3:61860534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C54,C60
Chr3:61860602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,D1,D11
Chr3:61860629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C59
Chr3:61860726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799494.1
1044 aa
N
1
522
1044
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF23598 LRR_14 162-274 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF13855 LRR_8 193-253 aa PF00560 LRR_1 242-264 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 437-458 aa PF13855 LRR_8 437-495 aa PF00560 LRR_1 586-607 aa PF00560 LRR_1 658-679 aa PF00560 LRR_1 684-703 aa PF00560 LRR_1 705-727 aa PF00560 LRR_1 729-750 aa PF00069 Pkinase 873-1039 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 875-1023 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799494.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 2.6e-05 25.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057799494.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 1.2e-50 169.8 Leucine rich repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 162 274 1.5e-51 175.9 Leucine-rich repeat region
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 193 253 1.2e-50 169.8 Leucine rich repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 242 264 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 458 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 437 495 1.2e-50 169.8 Leucine rich repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 586 607 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 658 679 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 684 703 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 705 727 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 750 1.5e-58 182.7 Leucine Rich Repeat
XP_057799494.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 873 1039 1.2e-28 101.0 Protein kinase domain
XP_057799494.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 875 1023 3.6e-25 89.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943511.1
TTGCAGCCATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCGTAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTATGAGTCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCGAAGAGTTTCTGCGTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015221
ATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCGTAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTATGAGTCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCGAAGAGTTTCTGCGTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799494.1
MDKKLYCILPYAFLITVTFPMLSSESKQPMSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSLRHRRVSALNLSNMALSATIPPQLRHLSFLVSLDLTNNLFYGDLPQELSLLRRLKFISFQLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLRSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLYVQRNHLSGAIPSAIFNISTLVSMGFTYNELSGSLPTDMCRNLPSLTGLYLSKNQLSGTIPSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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