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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004365

染色体: Chr03 坐标: 61869668-61873317 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004365
名称SmilChr03G004365
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61869668 - 61873317 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019112
GeneID131019112
locus_tag-
NCBI NameLOC131019112
原始查询SmilChr03G004365

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=35.6; qcov=1.03; evalue=1.61e-177; confidence=medium
RiceOs11g0694600
-
identity=36.1; qcov=1.08; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019112

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803778.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803778.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803778.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803778.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803778.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61869715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C60
Chr3:61869717 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B62,B98
Chr3:61869717 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B62,B98
Chr3:61869867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr3:61869869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:61869881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:61869913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,A9,B105,B136
Chr3:61869931 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C1
Chr3:61869931 C CAG 2bp_insertion CDS_variant 1 C1
Chr3:61869932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,C35,D10
Chr3:61869937 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C1
Chr3:61869937 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803778.1
964 aa
N
1
482
964
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-50 aa PF00560 LRR_1 154-176 aa PF00560 LRR_1 178-200 aa PF00560 LRR_1 252-273 aa PF13855 LRR_8 252-310 aa PF00560 LRR_1 325-346 aa PF13855 LRR_8 325-383 aa PF00560 LRR_1 348-370 aa PF23598 LRR_14 427-572 aa PF00560 LRR_1 454-472 aa PF00560 LRR_1 475-496 aa PF00560 LRR_1 516-538 aa PF13855 LRR_8 516-575 aa PF00560 LRR_1 540-561 aa PF00069 Pkinase 684-952 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 686-952 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803778.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 50 0.0004 21.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 154 176 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 178 200 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 273 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 252 310 8e-35 119.1 Leucine rich repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 325 346 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 325 383 8e-35 119.1 Leucine rich repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 348 370 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 427 572 5.6e-32 111.6 Leucine-rich repeat region
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 454 472 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 475 496 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 516 538 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 516 575 8e-35 119.1 Leucine rich repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 540 561 1.2e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803778.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 684 952 2.8e-39 135.8 Protein kinase domain
XP_057803778.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 686 952 5.9e-39 134.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947795.1
ATGGACAAAAACCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCATCAACGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCACCATTCCACCGCAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019112
ATGGACAAAAACCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCATCAACGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCACCATTCCACCGCAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803778.1
MDKNLYCILPYAFLITITFPMLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHQRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGDLPQELSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMFDMCRNLPFLGGIYLSENQLSGAIPTNVSQCSRLEVLSLSYNSFSGEIPSEIGFLTSLQYLALGGNNLNGILPHEIGHLQSLVIFGAEKNEIAGSIDFNIFMIMSSLQTLALSRNKFTGNISRDVRNITMLTELQLHEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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