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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004366

染色体: Chr03 坐标: 61873402-61882230 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004366
名称SmilChr03G004366
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61873402 - 61882230 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019113
GeneID131019113
locus_tag-
NCBI NameLOC131019113
原始查询SmilChr03G004366

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.8; qcov=0.865; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019113

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803779.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803779.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803779.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803779.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803779.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61873402 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 2 A8,B93
Chr3:61873402 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 2 A8,B93
Chr3:61873408 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B66,C51
Chr3:61873408 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B66,C51
Chr3:61873409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B93
Chr3:61873415 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 3 A15,A5,B5
Chr3:61873415 T TGG 2bp_insertion CDS_variant 3 A15,A5,B5
Chr3:61873417 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 3 A15,A5,B5
Chr3:61873417 G GC 1bp_insertion CDS_variant 3 A15,A5,B5
Chr3:61873422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr3:61873441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C64
Chr3:61873447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B55,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803779.1
1074 aa
N
1
537
1074
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 47-101 aa PF00560 LRR_1 66-88 aa PF00560 LRR_1 90-112 aa PF00560 LRR_1 114-135 aa PF00560 LRR_1 187-209 aa PF00560 LRR_1 211-233 aa PF00560 LRR_1 285-306 aa PF13855 LRR_8 285-343 aa PF13855 LRR_8 332-392 aa PF00560 LRR_1 358-379 aa PF00560 LRR_1 433-455 aa PF00560 LRR_1 482-504 aa PF00560 LRR_1 579-600 aa PF00560 LRR_1 626-648 aa PF13855 LRR_8 626-685 aa PF00560 LRR_1 651-671 aa PF00069 Pkinase 794-1062 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 796-1063 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803779.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 47 101 3.4e-51 171.6 Leucine rich repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 66 88 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 90 112 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 114 135 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 209 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 211 233 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 285 306 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 285 343 3.4e-51 171.6 Leucine rich repeat
XP_057803779.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 332 392 3.4e-51 171.6 Leucine rich repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 358 379 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 433 455 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 482 504 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 579 600 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 626 648 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 626 685 3.4e-51 171.6 Leucine rich repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 651 671 5.7e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057803779.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 794 1062 4.7e-39 135.1 Protein kinase domain
XP_057803779.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 796 1063 1.1e-38 133.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947796.1
ATGTCTTCTTCATTTGGTGGCTTTGATGAGGCATGTAGTGTTCAAGATTTTGAAGAGGCAGTAGTTGCTAATTGGGGTGAGGCACTGGATAGTGGTGAGGTGGATGACATAAAGAATGGAATATTTGGCTTGTTCATATCTCTCCGACTCAACAACTTCACCGGAGACATCCCTCCGATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGAATTTACGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAGTCGCTCTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019113
ATGTCTTCTTCATTTGGTGGCTTTGATGAGGCATGTAGTGTTCAAGATTTTGAAGAGGCAGTAGTTGCTAATTGGGGTGAGGCACTGGATAGTGGTGAGGTGGATGACATAAAGAATGGAATATTTGGCTTGTTCATATCTCTCCGACTCAACAACTTCACCGGAGACATCCCTCCGATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGAATTTACGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAGTCGCTCTCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803779.1
MSSSFGGFDEACSVQDFEEAVVANWGEALDSGEVDDIKNGIFGLFISLRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTYNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVQFNRLSGAIPSAIFNISTLVSMAFSYNELSGSLPTDMCRNLPLLGGIYLSDNQLSGAIPTNLSQCSRLEVLSLSVNSFSGEIPSEIGYLTSLRELYIGGNNLNGILPHEIGHLQSLVTFGAEWNQIAGSIDFNIFMNMSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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