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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004373

染色体: Chr03 坐标: 61935279-61939607 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004373
名称SmilChr03G004373
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61935279 - 61939607 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015218
GeneID131015218
locus_tag-
NCBI NameLOC131015218
原始查询SmilChr03G004373

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.4; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015218

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799489.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799489.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799489.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799489.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61935328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B134,B50,C59,C84
Chr3:61935371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B104,B67,C84
Chr3:61935376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B90
Chr3:61935448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C84
Chr3:61935460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B90
Chr3:61935492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B22,C56,C68
Chr3:61935574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B27,B90,B92
Chr3:61935629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr3:61935635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:61935655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B85,B87
Chr3:61935700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B62,C66,C8
Chr3:61935705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799489.1
1152 aa
N
1
576
1152
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF13855 LRR_8 120-180 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF23598 LRR_14 162-272 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF13855 LRR_8 241-301 aa PF00560 LRR_1 242-264 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 387-407 aa PF00560 LRR_1 511-533 aa PF00560 LRR_1 560-582 aa PF00560 LRR_1 728-749 aa PF00069 Pkinase 872-1140 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 874-1143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799489.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 2.8e-06 28.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057799489.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 120 180 5e-42 142.2 Leucine rich repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 162 272 2.8e-47 161.9 Leucine-rich repeat region
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 241 301 5e-42 142.2 Leucine rich repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 242 264 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 407 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 511 533 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 560 582 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 728 749 1e-55 174.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799489.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 872 1140 4.2e-39 135.2 Protein kinase domain
XP_057799489.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 874 1143 7.5e-40 137.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943506.1
CAGCCATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTCACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015218
ATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTCACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799489.1
MDKKLYCILPYAFLITITFPMLSSESKQPLSLATDQTALLSLKHTSLSLATNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVYLNLRSNLFHGDLPQELSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLSNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLRYNSLSGEIPKELGRLQSLQTLFVHFNRLSGAIPSAIFNISTLVSMAFSYNELSGSLPTDICSNLPSLTVLSLSKNQLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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