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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004374

染色体: Chr03 坐标: 61957604-61961053 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004374
名称SmilChr03G004374
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61957604 - 61961053 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019117
GeneID131019117
locus_tag-
NCBI NameLOC131019117
原始查询SmilChr03G004374

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.2; qcov=1.06; evalue=4.44e-175; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.1; qcov=0.979; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019117

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803784.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803784.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803784.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803784.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803784.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61957739 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 4 B100,B106,B33,C42
Chr3:61957739 CAT C 2bp_deletion CDS_variant 4 B100,B106,B33,C42
Chr3:61957786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C77
Chr3:61957788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr3:61957801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B63,B82,B91
Chr3:61957817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B73
Chr3:61957822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,B67,B88,C43,C64
Chr3:61957840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:61957863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,B82
Chr3:61957865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B51,C36
Chr3:61957870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B49
Chr3:61957885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B20,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803784.1
1066 aa
N
1
533
1066
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 35-70 aa PF00560 LRR_1 100-119 aa PF13855 LRR_8 146-206 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF00560 LRR_1 171-193 aa PF00560 LRR_1 195-216 aa PF00560 LRR_1 269-290 aa PF00560 LRR_1 366-387 aa PF13855 LRR_8 366-424 aa PF00560 LRR_1 462-484 aa PF00560 LRR_1 515-537 aa PF00560 LRR_1 589-610 aa PF00560 LRR_1 612-633 aa PF00560 LRR_1 661-682 aa PF00560 LRR_1 708-730 aa PF13855 LRR_8 708-767 aa PF00560 LRR_1 732-753 aa PF00069 Pkinase 876-1042 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 878-1022 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803784.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 35 70 4.3e-06 27.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 100 119 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 146 206 1.6e-52 175.8 Leucine rich repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 193 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 216 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 269 290 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 366 387 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 366 424 1.6e-52 175.8 Leucine rich repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 462 484 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 515 537 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 589 610 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 612 633 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 661 682 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 708 730 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 708 767 1.6e-52 175.8 Leucine rich repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 732 753 8.5e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803784.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 876 1042 1e-29 104.5 Protein kinase domain
XP_057803784.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 878 1022 2.4e-26 93.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947801.1
ATGGAGAGAAAGCTTTATTGCATTTTGCCATATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTACGCCACCCAAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019117
ATGGAGAGAAAGCTTTATTGCATTTTGCCATATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTACGCCACCCAAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803784.1
MERKLYCILPYAFLITITFPMLSSEAKSKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCSWIGVTCSLRHPRVAALNLSNMALSATIPPQLGRLSFLVSLDLSNNHFYGDLPHQLSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQLLDLSYNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLYVESNHLSGAIPSAIFNISTLVVITLRYNELSGSLPTDMCRNLPFLALIRLSRNRLSGAIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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