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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004378

染色体: Chr03 坐标: 61991429-61995151 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004378
名称SmilChr03G004378
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61991429 - 61995151 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019119
GeneID131019119
locus_tag-
NCBI NameLOC131019119
原始查询SmilChr03G004378

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.7; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019119

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803786.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803786.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803786.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803786.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803786.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61991529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:61991649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B52,C2
Chr3:61991671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B5
Chr3:61991717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C36,C79
Chr3:61991743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B55,C31,C79,D1
Chr3:61991749 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 14 A9,B128,B36,B44,B47,B55,B99,C11,C17,C19,C26,C27,C28,C87
Chr3:61991836 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B6,B64,B79
Chr3:61991836 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 3 B6,B64,B79
Chr3:61991838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B101,B11,B34,C56
Chr3:61991855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B101,B11,C56
Chr3:61991907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:61991949 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 44 A21,A24,A8,B1,B102,B108,B12,B120,B134,B140,B19,B25,B34,B40,B50,B51,B53,B59,B60,B68,B72,B8,B83,B84,B89,B9,B93,C12,C17,C20,C21,C23,C35,C36,C37,C42,C49,C55,C59,C62,C7,C79,C83,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803786.1
1154 aa
N
1
577
1154
LRRNT_2
LRR_4
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-67 aa PF12799 LRR_4 120-160 aa PF13855 LRR_8 143-203 aa PF00560 LRR_1 144-166 aa PF00560 LRR_1 168-190 aa PF23598 LRR_14 258-466 aa PF00560 LRR_1 265-288 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF00560 LRR_1 437-458 aa PF00560 LRR_1 609-630 aa PF00560 LRR_1 729-751 aa PF00069 Pkinase 874-1141 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 876-1143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803786.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 67 6e-07 30.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803786.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 120 160 3.4e-33 113.6 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057803786.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 143 203 1.4e-39 134.4 Leucine rich repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 144 166 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 168 190 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 258 466 2e-41 142.7 Leucine-rich repeat region
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 265 288 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 458 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 609 630 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 751 2.3e-52 164.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803786.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 874 1141 4.3e-37 128.7 Protein kinase domain
XP_057803786.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 876 1143 1.9e-39 136.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947803.1
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATTACCATAACCTCCCAAATGCTTTCTTTTGAAGCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACCTTCTCTTTCACTTGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCATCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCAAACATGGGTCTCTCCGGCACCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019119
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATTACCATAACCTCCCAAATGCTTTCTTTTGAAGCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACCTTCTCTTTCACTTGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCATCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCAAACATGGGTCTCTCCGGCACCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803786.1
MEKKLYCIFAYAFLITITSQMLSFEAKQPLSLATDQTALLSLKPSLSLATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMGLSGTIPPQLGRLSFLVSLDLTNNLFYGDLPQELSLLRRLKFISLQLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLSNNNFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTFNSLSGEIPKEFGRLHSLQTLSVQFNRLSGAISSAIFNISTLVTIDLTGNELSGSLPTDMCSNLPFLAGIYVSSNQLSGAIPSNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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