Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004381`

染色体: Chr03 坐标: 62022148-62027841 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004381`
名称	SmilChr03G004381
描述	leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62022148 - 62027841 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019123`
GeneID	`131019123`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019123`
原始查询	`SmilChr03G004381`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM3
产物	leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM3
Arabidopsis	`AT5G63930` (AT5G63930) Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836514] identity=38.6; qcov=0.476; evalue=1.66e-56; confidence=medium
Rice	`Os11g0559200` (Xa21*) - identity=36.2; qcov=0.573; evalue=1.34e-64; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019123

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057803791.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803791.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803791.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803791.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803791.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62022196`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,C42
`Chr3:62022224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,C54,C60,C73
`Chr3:62022258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr3:62022294`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	49	A10,A15,A4,B101,B103,B104,B108,B112,B115,B118,B12,B130,B137,B14,B15,B16,B19,B24,B26,B3,B38,B5,B52,B56,B61,B64,B67,B70,B76,B78,B82,B92,B97,C15,C3,C31,C35,C4,C42,C45,C46,C51,C59,C60,C61,C63,C69,C74,C81
`Chr3:62022295`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	49	A10,A15,A4,B101,B103,B104,B108,B112,B115,B118,B12,B130,B137,B14,B15,B16,B19,B24,B26,B3,B38,B5,B52,B56,B61,B64,B67,B70,B76,B78,B82,B92,B97,C15,C3,C31,C35,C4,C42,C45,C46,C51,C59,C60,C61,C63,C69,C74,C81
`Chr3:62022298`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B130,B34,B40,B7,B87,B9,B91,C23,C24,C30,C87,D9
`Chr3:62022332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A10,A14,A22,A4,A9,B101,B104,B115,B118,B127,B130,B5,B51,B56,B67,B78,B82,B90,B92,C12,C15,C3,C42,C46,C6,C60,C63,C67
`Chr3:62022351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B52,B8,C83,D11
`Chr3:62022355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C83,D4
`Chr3:62022356`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr3:62022365`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr3:62022366`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803791.1

757 aa

378

757

zf-RVT

LRRNT_2

LRR_1

PF13966 zf-RVT 32-126 aa PF08263 LRRNT_2 366-401 aa PF00560 LRR_1 478-500 aa PF00560 LRR_1 502-524 aa PF00560 LRR_1 575-597 aa PF00560 LRR_1 599-621 aa PF00560 LRR_1 623-645 aa PF00560 LRR_1 697-718 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	32	126	7.4e-17	62.5	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	366	401	7.4e-06	26.9	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	478	500	1.9e-27	90.1	Leucine Rich Repeat
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	502	524	1.9e-27	90.1	Leucine Rich Repeat
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	575	597	1.9e-27	90.1	Leucine Rich Repeat
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	599	621	1.9e-27	90.1	Leucine Rich Repeat
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	623	645	1.9e-27	90.1	Leucine Rich Repeat
`XP_057803791.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	697	718	1.9e-27	90.1	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947808.1
ATGGTGCAACAACTTTTGTCCTTTATCTCTGATTGTGCTGTGATTGCAGGTGATGAAGACGCATGGACATGGATTGCATCTCCGGCAGGGTGCTACACCACAAAATCAGCCTACTCGGCCATTTTCGCGAGAGGTTGTGACACAGCGGCTTTACATAGTCCATCGGAGATGATTTCGAGAGTTTGGAAAACACCGGCGCCTCAGAAAGCAATCATCACGGCCTGGAGACTTCTTAAAAACAGACTCGCCACCTGCGATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019123
ATGGTGCAACAACTTTTGTCCTTTATCTCTGATTGTGCTGTGATTGCAGGTGATGAAGACGCATGGACATGGATTGCATCTCCGGCAGGGTGCTACACCACAAAATCAGCCTACTCGGCCATTTTCGCGAGAGGTTGTGACACAGCGGCTTTACATAGTCCATCGGAGATGATTTCGAGAGTTTGGAAAACACCGGCGCCTCAGAAAGCAATCATCACGGCCTGGAGACTTCTTAAAAACAGACTCGCCACCTGCGATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803791.1
MVQQLLSFISDCAVIAGDEDAWTWIASPAGCYTTKSAYSAIFARGCDTAALHSPSEMISRVWKTPAPQKAIITAWRLLKNRLATCDNLEKRKVTLGDDEVRCKFCKSQMDTIDHLFLLCSKIAELWDEIQKWLGFTTVRLNTARRHFETFVDLESGKKNMKFLMMVWVCSIWMLWRRRNECRFDDDDWDCKTVLSDIKLGVTTCCMPIDFHHRRTVPTSDLQRFAANGYGFSLSDWGQHLYGLDSKATPIKTLKSSKSSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器