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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004388

染色体: Chr03 坐标: 62082857-62087633 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004388
名称SmilChr03G004388
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62082857 - 62087633 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015212
GeneID131015212
locus_tag-
NCBI NameLOC131015212
原始查询SmilChr03G004388

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=32.9; qcov=1.08; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799482.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799482.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799482.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799482.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799482.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62083920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr3:62084018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr3:62084056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr3:62084102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B104,B111,C19
Chr3:62084404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,A5
Chr3:62084413 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B19
Chr3:62084413 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B19
Chr3:62084440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B55,C76
Chr3:62084545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B31,B55,C3
Chr3:62084579 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 20 A14,B115,B128,B132,B136,B138,B16,B20,B44,B52,B7,B77,B97,C16,C2,C28,C33,C36,C60,C72
Chr3:62084580 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 19 A14,B115,B128,B132,B136,B138,B16,B20,B44,B7,B77,B97,C16,C2,C28,C33,C36,C60,C72
Chr3:62084594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799482.1
1168 aa
N
1
584
1168
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF00560 LRR_1 267-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF00560 LRR_1 363-384 aa PF13855 LRR_8 363-421 aa PF23598 LRR_14 380-571 aa PF00560 LRR_1 386-407 aa PF00560 LRR_1 436-457 aa PF13855 LRR_8 436-494 aa PF13855 LRR_8 559-619 aa PF00560 LRR_1 560-582 aa PF00560 LRR_1 585-606 aa PF00560 LRR_1 609-629 aa PF00560 LRR_1 657-678 aa PF00560 LRR_1 704-726 aa PF00560 LRR_1 728-750 aa PF00069 Pkinase 873-1138 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 875-1141 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799482.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 6.3e-06 27.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057799482.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 2.9e-46 155.8 Leucine rich repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 267 288 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 363 384 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 363 421 2.9e-46 155.8 Leucine rich repeat
XP_057799482.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 380 571 4.9e-48 164.4 Leucine-rich repeat region
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 386 407 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 436 457 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 436 494 2.9e-46 155.8 Leucine rich repeat
XP_057799482.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 559 619 2.9e-46 155.8 Leucine rich repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 560 582 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 585 606 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 609 629 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 657 678 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 704 726 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 728 750 8.8e-56 174.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799482.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 873 1138 1.2e-39 137.0 Protein kinase domain
XP_057799482.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 875 1141 1.4e-38 133.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943499.1
GAATGTAACATGAAATCTCACAACCGCTCTCACTTCATGCTGTAGAAGACAATTTTTAACAATTGATCATCTCTCAACCGCTCACTTTAAATTATCCTTTTGCAAGTGGGACTTTTCTCCATCCAAAGTTTGATTCTATATCGATCAAGTCTTCGTCTGCGTCTCCCTCTTTGTCTCAACTCTTCACCTTCGTCTTCGTCTTTGTCTCAACCTCAAGTCTTCGTCTTCGTCTTTGTCTTCTTCTCAGTCGGGCCGACATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015212
ATGGAGATAAAGCTTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTTCCAATGCTTTCTTCTGAAACCAAACAACCTAAGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATAGATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCCAAGAGTGTCTGCGTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799482.1
MEIKLSCILQYAFLITITFPMLSSETKQPKSLATDQTALLSLKHRSLLLATNWTNSTSVCSWIGVTCSLRHPRVSALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLISLDLTNNLFHGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSFNSLSREIPKELGRLQSLQTLNVQFNHLSGAIPSAIFNISTRVAIALTGNELSGSLSTDMCRNLPFLAGIYLSDNQLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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