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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004397

染色体: Chr03 坐标: 62165198-62168913 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004397
名称SmilChr03G004397
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62165198 - 62168913 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019131
GeneID131019131
locus_tag-
NCBI NameLOC131019131
原始查询SmilChr03G004397

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019131

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803800.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803800.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803800.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803800.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803800.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62165242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B27,B40,C82
Chr3:62165286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B111,B95,B98,C44
Chr3:62165287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B119,B27,B40,C82
Chr3:62165315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr3:62165368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr3:62165400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:62165406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,C19,C22
Chr3:62165479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B71,C27,C81
Chr3:62165488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,B67
Chr3:62165491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:62165556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B125,B26,C21,C36
Chr3:62165652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803800.1
1154 aa
N
1
577
1154
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF13855 LRR_8 130-180 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 243-264 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF13855 LRR_8 365-423 aa PF00560 LRR_1 388-409 aa PF13855 LRR_8 436-496 aa PF00560 LRR_1 437-459 aa PF00560 LRR_1 461-483 aa PF00560 LRR_1 513-535 aa PF00560 LRR_1 587-608 aa PF00560 LRR_1 659-680 aa PF00560 LRR_1 685-704 aa PF00560 LRR_1 706-728 aa PF00560 LRR_1 730-751 aa PF00069 Pkinase 874-1142 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 876-1145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803800.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 2.8e-05 25.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803800.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 130 180 2e-54 181.9 Leucine rich repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 243 264 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 365 423 2e-54 181.9 Leucine rich repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 388 409 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 436 496 2e-54 181.9 Leucine rich repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 459 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 461 483 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 513 535 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 587 608 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 659 680 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 685 704 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 706 728 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 730 751 1.3e-61 191.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803800.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 874 1142 2.5e-38 132.7 Protein kinase domain
XP_057803800.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 876 1145 7.3e-36 124.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947817.1
ATGGAGAAAAAGCTTTCTTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAACCAAACAACCTACGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCAAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCTGGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019131
ATGGAGAAAAAGCTTTCTTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAACCAAACAACCTACGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCAAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCTGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803800.1
MEKKLSCILLYAFLITITFPMLSSETKQPTSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGDFPHQLSLLRRLKFISFRLNTLTGDIPPMFGQLQKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSSNSLSGEIPKELGRLQSLQTLYVQFNRLSGAMPSAIFNISSLVVIALRNNQLSGSLPIDICSNLPFLTVLSLSLNQLSGTIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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