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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004399

染色体: Chr03 坐标: 62186662-62190383 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004399
名称SmilChr03G004399
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62186662 - 62190383 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019132
GeneID131019132
locus_tag-
NCBI NameLOC131019132
原始查询SmilChr03G004399

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.9; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019132

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803801.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803801.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803801.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803801.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62186674 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B54
Chr3:62186674 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B54
Chr3:62186690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B31,B58,B77,C57
Chr3:62186711 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 51 A10,A13,A21,A24,B104,B108,B113,B115,B117,B120,B122,B127,B129,B132,B133,B17,B2,B24,B28,B29,B30,B32,B34,B36,B38,B44,B48,B60,B62,B66,B70,B71,B75,B79,B91,B95,B97,C17,C23,C25,C26,C29,C35,C5,C60,C61,C62,C7,C8,C86,D9
Chr3:62186746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,C10,C53,C85,D5
Chr3:62186783 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 D6
Chr3:62186783 C CGT 2bp_insertion CDS_variant 1 D6
Chr3:62186835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B100,B73,C17
Chr3:62186838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr3:62186840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B57,C33,C39,C45
Chr3:62186853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr3:62186865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A24,B110,C18,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803801.1
1154 aa
N
1
577
1154
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 267-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF13855 LRR_8 364-422 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF00560 LRR_1 563-583 aa PF00560 LRR_1 586-607 aa PF00560 LRR_1 609-630 aa PF00560 LRR_1 633-655 aa PF00560 LRR_1 658-679 aa PF00560 LRR_1 729-750 aa PF00069 Pkinase 874-1142 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 876-1143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803801.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 6.2e-06 27.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803801.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 7e-45 151.3 Leucine rich repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 267 288 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 364 422 7e-45 151.3 Leucine rich repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 563 583 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 586 607 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 609 630 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 633 655 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 658 679 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 750 1.6e-55 173.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803801.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 874 1142 1.3e-38 133.6 Protein kinase domain
XP_057803801.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 876 1143 2.3e-38 132.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947818.1
ATGGAGAAAAACCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019132
ATGGAGAAAAACCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803801.1
MEKNLYCILPYAFLITITFPMLSSEAKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLTNNLFHGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQLLDLSYNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLAVQFNRLSGAIPSAIFNISTLVAIALRDNELSGSLPIDMCRNLPFLVLIRLSRNRLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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