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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004411

染色体: Chr03 坐标: 62277809-62281657 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004411
名称SmilChr03G004411
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62277809 - 62281657 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019136
GeneID131019136
locus_tag-
NCBI NameLOC131019136
原始查询SmilChr03G004411

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.6; qcov=1.06; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019136

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803805.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803805.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803805.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803805.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803805.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62277954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:62277963 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B10,B100,B40,B71,B75,C42,C53,C63,C78
Chr3:62277970 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 9 B10,B100,B130,B40,B71,B75,C42,C53,C63
Chr3:62277988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B40,B75,C42
Chr3:62278004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr3:62278085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:62278104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr3:62278115 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B14,B31,B38,B67,C12,C75
Chr3:62278120 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 8 A4,A7,B135,B42,C41,C50,C57,C76
Chr3:62278133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B30,C25,C52
Chr3:62278149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B104,C30,C35,D6
Chr3:62278151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803805.1
1158 aa
N
1
579
1158
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF13855 LRR_8 149-209 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 198-219 aa PF00560 LRR_1 248-269 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF00560 LRR_1 295-317 aa PF00560 LRR_1 369-390 aa PF13855 LRR_8 369-427 aa PF13855 LRR_8 442-500 aa PF00560 LRR_1 465-487 aa PF00560 LRR_1 517-539 aa PF00560 LRR_1 614-635 aa PF00560 LRR_1 663-684 aa PF00560 LRR_1 710-732 aa PF13855 LRR_8 710-769 aa PF00560 LRR_1 734-755 aa PF00069 Pkinase 878-1146 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 880-1149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803805.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 1.7e-09 38.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803805.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 149 209 4.6e-57 190.3 Leucine rich repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 219 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 248 269 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 317 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 369 390 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 369 427 4.6e-57 190.3 Leucine rich repeat
XP_057803805.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 442 500 4.6e-57 190.3 Leucine rich repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 465 487 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 517 539 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 614 635 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 663 684 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 710 732 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 710 769 4.6e-57 190.3 Leucine rich repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 734 755 8.6e-61 189.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803805.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 878 1146 7.8e-39 134.4 Protein kinase domain
XP_057803805.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 880 1149 1.3e-39 136.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947822.1
ATTTGTATGGACCACGAGAGAGTAGGGATGGAAAACCCACACCCATCAAGACTCTCAAGTCTTGTAATATTTCTGTATATAGCTTGCACTTATTAGCGACTTCATTATCATAATACAATCACAATTTGCAGCCATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019136
ATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCCAAGAGTATCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803805.1
MDKKLYCIFAYAFLITITFPMLSSESKQPLSLATDQTALLSLKQHITSDPSLLLATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHPRVSALNLSNMALSGTISPQLGHLSFLVSLDLRNNLFHGDLPQELSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLYLRNNSFIGSIPKSFSNLTNLKSLDLTYNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLYVQFNHLSGAIPSAIFNISTLVAIALRDNELSGSLPTDICRNLPTLTLLSLSFNQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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