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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004412

染色体: Chr03 坐标: 62294489-62298913 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004412
名称SmilChr03G004412
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62294489 - 62298913 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015205
GeneID131015205
locus_tag-
NCBI NameLOC131015205
原始查询SmilChr03G004412

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.4; qcov=1; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.2; qcov=0.891; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015205

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799464.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799464.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799464.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799464.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799464.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62294623 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 13 B107,B119,B25,B76,B9,C12,C37,C51,C6,C67,C8,D3,D5
Chr3:62294629 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 15 B107,B112,B119,B25,B76,B9,C12,C37,C51,C6,C67,C8,C87,D3,D5
Chr3:62294640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B63,B73
Chr3:62294641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B77
Chr3:62294664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C10,C73
Chr3:62294672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr3:62294685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,B8,C18,C80
Chr3:62294772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B14,C13,D10
Chr3:62294799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr3:62294811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C13
Chr3:62294815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr3:62294820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B55,C35,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799464.1
1252 aa
N
1
626
1252
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 35-70 aa PF13855 LRR_8 146-206 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF23598 LRR_14 164-275 aa PF00560 LRR_1 171-193 aa PF00560 LRR_1 195-216 aa PF13855 LRR_8 219-279 aa PF00560 LRR_1 245-266 aa PF13855 LRR_8 245-303 aa PF00560 LRR_1 269-288 aa PF00560 LRR_1 292-313 aa PF00560 LRR_1 365-387 aa PF00560 LRR_1 389-411 aa PF00560 LRR_1 463-484 aa PF13855 LRR_8 463-521 aa PF00560 LRR_1 536-557 aa PF13855 LRR_8 536-594 aa PF00560 LRR_1 559-581 aa PF00560 LRR_1 611-633 aa PF00560 LRR_1 685-706 aa PF13855 LRR_8 708-767 aa PF00560 LRR_1 804-826 aa PF00560 LRR_1 828-849 aa PF00069 Pkinase 972-1240 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 974-1243 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799464.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 35 70 5.2e-06 27.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057799464.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 146 206 2.8e-62 207.1 Leucine rich repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 164 275 8.8e-54 183.3 Leucine-rich repeat region
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 193 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 216 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 219 279 2.8e-62 207.1 Leucine rich repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 245 266 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 245 303 2.8e-62 207.1 Leucine rich repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 269 288 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 313 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 387 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 389 411 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 463 484 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 463 521 2.8e-62 207.1 Leucine rich repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 536 557 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 536 594 2.8e-62 207.1 Leucine rich repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 559 581 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 611 633 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 685 706 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 708 767 2.8e-62 207.1 Leucine rich repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 804 826 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 828 849 5.6e-68 210.8 Leucine Rich Repeat
XP_057799464.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 972 1240 2e-39 136.3 Protein kinase domain
XP_057799464.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 974 1243 6.3e-39 134.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943481.1
CAACCATGAAGACTCTCAAGTCTTGTAATATTTGTGTATATATATGATGATGATTGTTGGATGCAGTTATTAGCGACTTCATTATCATAATACATCAATCACAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015205
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCATCTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799464.1
MEKKLYCILQYAFLITITFQMLSSEAKAKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLASNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGHLPHQLSLLRRLKFISFQLNNFTGDIPPMLGQLPKLEDLSLSSNNFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVRFNRLSGAIPSAIFNISTLVAIALRNNELSGSLPTDMCSNLPFLTVLSLSFNQLSGVIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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