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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004417

染色体: Chr03 坐标: 62334058-62335778 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004417
名称SmilChr03G004417
描述uncharacterized SmilChr03G004417
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62334058 - 62335778 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015310
GeneID131015310
locus_tag-
NCBI NameLOC131015310
原始查询SmilChr03G004417

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyamine-modulated factor 1-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832632]; symbol=AT5G25570; hit=AT5G25570; species=arabidopsis; confidence=medium
产物polyamine-modulated factor 1-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832632]; symbol=AT5G25570; hit=AT5G25570; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G25570 (AT5G25570)
polyamine-modulated factor 1-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832632]
identity=50; qcov=0.961; evalue=6.97e-25; confidence=medium
RiceOs05g0180700
-
identity=32.1; qcov=0.824; evalue=1.24e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015310

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057799652.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057799652.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057799652.1
4 Centromere 着丝粒 0.60000 XP_057799652.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057799652.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62334198 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B20,B22,B78
Chr3:62335358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:62335361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B59,B89
Chr3:62335393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr3:62335400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B24
Chr3:62335452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr3:62335465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:62335482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943669.1
CGGGCAAAAAATTAGCGCTCCTAAATTCATACTTTTGGTATCTCATGTCTTCCATGCATCAAACAATGGCGTCGTTACCGCTTCTATCCGGCACGGAGCTTGCTGTTCCACCGCCCGCCGCCGAGCCTCAGCTCTCTTCTCTCGTTTACGAGCTCGCTCAGAACTTGCAAGCTTCCATGGATAACATGCTTAAGATGATCAGTGAGATTGAAGTAAACTCTGCCGGCATATCAGAAGAGATAGAGAAGTCCAAAGAGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015310
ATGTCTTCCATGCATCAAACAATGGCGTCGTTACCGCTTCTATCCGGCACGGAGCTTGCTGTTCCACCGCCCGCCGCCGAGCCTCAGCTCTCTTCTCTCGTTTACGAGCTCGCTCAGAACTTGCAAGCTTCCATGGATAACATGCTTAAGATGATCAGTGAGATTGAAGTAAACTCTGCCGGCATATCAGAAGAGATAGAGAAGTCCAAAGAGTCTGCACTTCAGAGGAAGATTCAATTAGAAGAAAAGAAAGATAACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799652.1
MSSMHQTMASLPLLSGTELAVPPPAAEPQLSSLVYELAQNLQASMDNMLKMISEIEVNSAGISEEIEKSKESALQRKIQLEEKKDNFQKTTYAVFDLLNSRD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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