Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004423

染色体: Chr03 坐标: 62394783-62396608 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004423
名称SmilChr03G004423
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20540
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62394783 - 62396608 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015251
GeneID131015251
locus_tag-
NCBI NameLOC131015251
原始查询SmilChr03G004423

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20540
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20540
ArabidopsisAT2G20540 (MEF21)
mitochondrial editing factor 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816576]
identity=55.2; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0439300
-
identity=54.1; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015251

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057799543.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799543.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799543.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799543.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799543.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62394940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr3:62395075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr3:62395101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,C29,C31,C47
Chr3:62395120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:62395131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:62395173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr3:62395176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:62395193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B89,C63,C71,C79
Chr3:62395203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B97,C15,C54,C60
Chr3:62395212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B62,B99,C35,C50,C74
Chr3:62395223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B97,C15,C54,C60
Chr3:62395243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799543.1
531 aa
N
1
266
531
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 76-102 aa PF01535 PPR 149-175 aa PF12854 PPR_1 174-203 aa PF13041 PPR_2 174-207 aa PF01535 PPR 177-206 aa PF13041 PPR_2 206-247 aa PF01535 PPR 208-238 aa PF01535 PPR 279-307 aa PF12854 PPR_1 304-335 aa PF13812 PPR_3 305-353 aa PF13041 PPR_2 306-354 aa PF01535 PPR 309-336 aa PF01535 PPR 345-371 aa PF01535 PPR 381-407 aa PF20431 E_motif 424-486 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 76 102 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 149 175 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 174 203 3.8e-39 132.8 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 174 207 6.5e-60 199.8 PPR repeat family
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 177 206 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 206 247 6.5e-60 199.8 PPR repeat family
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 208 238 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 279 307 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 304 335 3.8e-39 132.8 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 305 353 1.2e-20 74.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057799543.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 306 354 6.5e-60 199.8 PPR repeat family
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 309 336 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 345 371 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 381 407 4e-57 187.3 PPR repeat
XP_057799543.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 424 486 1.5e-21 77.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943560.1
ATATCACTATATTTTCTTCTCTTATCCATCAAATTTGGCTCATGGGAACTCATGAAAATGAGGAATCTTCATACACAAAATATGATTGCTTCAAAAATTTCATTGATACATGAGAAAAAGGTCAAATTTGAAAAATGGCAGCAAGAGTGGGGATGAGAAGATTGGAAGATACATTCATCCCCTTATTAAGAAAATGCAACACCACGAACTTCTTGAAGAGAATACATGCCCAAATGGAGAAGCTCTCACTGCTGCAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015251
ATGGCAGCAAGAGTGGGGATGAGAAGATTGGAAGATACATTCATCCCCTTATTAAGAAAATGCAACACCACGAACTTCTTGAAGAGAATACATGCCCAAATGGAGAAGCTCTCACTGCTGCAAAGCAATTTCTTGGTCACAAAAATGCTGGAGATTTGCGATCAAAGCGGCGAGATCGACTACGCAAACTCGCTCTTCACAAGAGTCGATGACCCAAATATCTTCTTGTACAACACGATGATCAGAGCCTATACACGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799543.1
MAARVGMRRLEDTFIPLLRKCNTTNFLKRIHAQMEKLSLLQSNFLVTKMLEICDQSGEIDYANSLFTRVDDPNIFLYNTMIRAYTRNHMYLSSITLYQSMLRQLEISPDRFTYPFVIRSIGGIPDVYLGKQIHGHVSKFGLIDNSIVKNSVLDMYVKCDAMAEAHKVFDEMSERDVVSWNSLISGYMRLGQVRKARAMFDEMQSKSIVSWTAMISGYTRNGRFGEALEVFRAMQVAGVRPDWVSLVAALPACAQLGALEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器