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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004427

染色体: Chr03 坐标: 62416713-62418479 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004427
名称SmilChr03G004427
描述two-on-two hemoglobin-3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62416713 - 62418479 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015304
GeneID131015304
locus_tag-
NCBI NameLOC131015304
原始查询SmilChr03G004427

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述two-on-two hemoglobin-3
产物two-on-two hemoglobin-3
ArabidopsisAT4G32690 (GLB3)
hemoglobin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829404]
identity=76.9; qcov=1.02; evalue=4.42e-96; confidence=high
RiceOs06g0591600
-
identity=72.5; qcov=1.01; evalue=7.21e-92; confidence=high
GOGO:0005344 (oxygen carrier activity); GO:0015671 (oxygen transport); GO:0019825 (oxygen binding); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF01152 (Bac_globin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057799641.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057799641.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057799641.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799641.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799641.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62416790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr3:62416853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,D9
Chr3:62417390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:62417466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799641.1
169 aa
N
1
84
169
Bac_globin
C
PF01152 Bac_globin 26-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799641.1 Pfam PF01152 Bac_globin Domain 26 142 6.1e-45 153.0 Bacterial-like globin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943658.1
CAAATATCCACAAATCACAGAGAGAGAGAGAGACAGAGGAGAGAGAAGATGCAAACACTCCAAGAGAAGGCTTCGGAGTGGAGCGGGGTGTCTACGAACGACGCTTTCGCCATTGACGAGACCAATCTCTACGAGAAGCTCGGCCTCCAGACATTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACAACAGAGTATATGATGATGAGGAAGAGTGGTTCCGATCAATTTTTGCAAATTCTAAGAAGGAAGATGCCATTCAAAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015304
ATGCAAACACTCCAAGAGAAGGCTTCGGAGTGGAGCGGGGTGTCTACGAACGACGCTTTCGCCATTGACGAGACCAATCTCTACGAGAAGCTCGGCCTCCAGACATTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACAACAGAGTATATGATGATGAGGAAGAGTGGTTCCGATCAATTTTTGCAAATTCTAAGAAGGAAGATGCCATTCAAAACCAGTATGAGTTCTTCACACAGAGAATGGGAGGGCCTCCATTATTCAGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799641.1
MQTLQEKASEWSGVSTNDAFAIDETNLYEKLGLQTFINLSTNFYNRVYDDEEEWFRSIFANSKKEDAIQNQYEFFTQRMGGPPLFSQRRGHPALIARHRPFPVTHQAAERWLHHMQQALDTTKDIDSDSKTKMMNFFRHTAFFLVAGDELKNPKQGIPCKHAAGKSAAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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