Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004429

染色体: Chr03 坐标: 62425990-62429989 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004429
名称SmilChr03G004429
描述sulfite exporter TauE/SafE family protein 3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62425990 - 62429989 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015259
GeneID131015259
locus_tag-
NCBI NameLOC131015259
原始查询SmilChr03G004429

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sulfite exporter TauE/SafE family protein 3
产物sulfite exporter TauE/SafE family protein 3
ArabidopsisAT2G25737 (AT2G25737)
Sulfite exporter TauE/SafE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817116]
identity=68.7; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0344800
-
identity=71.4; qcov=0.908; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0031464 (Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG-
PfamPF01925 (TauE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015259

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057799556.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057799556.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057799556.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799556.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799556.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62426381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C62
Chr3:62426583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B13,B55
Chr3:62426635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B63,C37
Chr3:62426826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:62426865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:62426996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:62427024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:62427317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,D9
Chr3:62427336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:62427605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B11,C58
Chr3:62427787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr3:62428067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799556.1
477 aa
N
1
238
477
TauE
TauE
C
PF01925 TauE 57-196 aa PF01925 TauE 339-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799556.1 Pfam PF01925 TauE Family 57 196 1.3e-22 81.4 Sulfite exporter TauE/SafE
XP_057799556.1 Pfam PF01925 TauE Family 339 443 1.3e-22 81.4 Sulfite exporter TauE/SafE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943573.1
GTCCGATTCTCATTTTCTCCCTTCACTTTTATTCTATTTATGATCACCATCTCTTCCACTCCACATGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCTCTCTCTCTCTAACCACTCCTCCTCTCCATCCCACTTGCACCCACACGCAAAAGCAATGCCTCTCTAAATCGATTTCTCGTTTTTATTTATTCTCTCCCATCTCCATTTCACAATTTATTCCTGCGGGAAACACTCTCTCCCCAAAATTCTCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015259
ATGGCGGGAAATCTCGAAAAATGGAAGGCGTTTGCACCCTTTTTCACGGTTGTGTGGAGCTTTTTGATGGCTGCGATATTTGTCTCTGCTGAGAGGAACTTAAAGCAAGAGACCCTCTCTCGAAATGCGGCCGCGGATTCGTCTCGTGATTCGGATTTGTTATCGGCCGTTGCGAATTTCTTGTGGCAGGAAGACAAATCCGGCTACCAGCACGTTTGGCCGGATCTGGAATTCAACTGGCAGATCGTTGTTGGCAGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799556.1
MAGNLEKWKAFAPFFTVVWSFLMAAIFVSAERNLKQETLSRNAAADSSRDSDLLSAVANFLWQEDKSGYQHVWPDLEFNWQIVVGSVIGFLGAAFGSVGGVGGGGIFVPMLTLIIGFDAKSATAISKCMIMGAAASTVYYNLKLKHPTIDMPIIDYDLAVLIQPMLMLGISIGVAFNVVFADWMVTVLLIILFIGTSTKAFFKGLETWKKETIMKKEAVRRSETNGNGQEADYKLLPAGPSAEAKPFEEPSVGIIENVCW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器